1Le site de Nantua, placé sur un axe de circulation aux confins des diocèses de Lyon et de Genève, offre des atouts dont l’abbaye a su tirer parti très tôt. Lors du rattachement à Cluny, plus de vingt prieurés et la collation de près de soixante églises de ces diocèses passent sous la tutelle clunisienne et font de cette maison un pivot de l’ordre et du diocèse de Lyon du xi^e au xiii^e s. Ceci n’empêche pas que, dès la deuxième moitié du xiv^e s., le prieuré apparaisse en mauvais état, et soit peu après tenu en commende par le cardinal d’Amiens. Le pape Benoît XIII se charge d’attribuer la titulature de Nantua à un proche de la curie romaine au début du siècle suivant. Ces soubresauts historiques, perçus par les sources textuelles, influent nécessairement sur l’évolution spatiale du bâti.

2Les élévations de la chapelle Sainte-Anne, accolée au NO de l’ancienne abbatiale, furent l’objet d’une petite opération de bâti confiée à l’INRAP. Les premières mentions de la chapelle se trouvent dans une délibération capitulaire datée du 23 mars 1418. Les religieux accordent à Humbert d’Aurillac un droit de sépulture pour lui, sa femme et ses successeurs, dans une chapelle qu’il doit construire dans l’église conventuelle de Nantua « à côté de la grande porte, à gauche en entrant ». Cette mention n’est en rien incompatible avec celle, plus tardive, mentionnant la fondation d’une autre chapelle en 1522 par le prieur Jean de la Forest. L’évolution de cet emplacement, tant du point de vue des dédicaces, vocables, fondations, se poursuit lorsque Debombourg précise que la chapelle Notre-Dame de Pitié, devenue par la suite Sainte-Anne, est placée « au-dessous de celle que son oncle avait fait bâtir ».

3Les fouilles précédentes avaient montré l’hétérogénéité du terrain sur lequel est implantée l’église ; la nef reposant sur des limons et des structures archéologiques enfouies, tandis que la partie orientale fut bâtie sur le rocher. D’autres causes contribuent à fragiliser l’ensemble. L’intégration de maçonneries plus anciennes forme des structures fragilisées, sources de pathologies. C’est encore le cas ici où la paroi en pierre de taille s’appuie sur un vestige de maçonnerie sans liaisons structurelles. L’enquête a permis de proposer une chronologie relative très simple à partir d’un segment de la nef romane, piégé par la construction de l’escalier en vis étroit desservant la salle haute de la chapelle.

4Une première chapelle funéraire, de contours sensiblement identiques à la construction actuelle, fut érigée en petits moellons. Il en subsiste des vestiges au sud et au pied de la paroi occidentale. Cette première chapelle latérale entraîne la destruction d’un contrefort du mur gouttereau nord de l’église, et l’élévation occidentale sert alors de contrebutement. Cet édifice semble correspondre à la chapelle mentionnée dans la délibération capitulaire du 23 mars 1418, citée plus haut.

5Plus tard, une deuxième chapelle funéraire est édifiée au même lieu : il s’agit de la chapelle renaissance bâtie par Jean de la Forest, qui y sera inhumé en 1536. Le volume intérieur est divisé en deux salles superposées et voûtées. La salle haute servira successivement de salle d’archives et de « chambre du trait » puisqu’elle contient, sur la paroi nord, un tracé (à l’échelle 1/1) à la sanguine du retable en place dans la chapelle. Enfin, une dernière phase de restauration engendre des reprises en sous-œuvre du bas-côté nord, la reconstruction du contrefort occidental au xix^e et au xx^e s. et de la charpente de la salle haute.