1Depuis le xiii^e siècle, la théologie revendique le droit d’imposer aux autres facultés certaines doctrines, dont celles qui concernent la relation du corps et de l’âme et l’immortalité de cette dernière, et de leur en défendre d’autres, dont celle de la « double vérité » et celle de l’unicité de l’intellect. Ces interdictions donnent lieu à leur tour à plusieurs stratégies qui rendent possible l’entretien avec la philosophie grecque et arabe, comme la pratique de naturalibus naturaliter prônée par Albert le Grand, et la distinction herméneutique entre une analyse textuelle ne visant qu’à exposer le vouloir-dire d’un auteur et celle qui prétend établir ou détruire la vérité de ses raisonnements. Ces pratiques continuent à s’exercer jusqu’au xvi^e siècle. Sans s’opposer explicitement à la scolastique sur ces matières, plusieurs doctrines de la médecine galénique les remettent en question : la théorie de la complexion, l’étude des passions et des maladies de l’âme, le déterminisme climatique d’Hippocrate, et la physiognomonie, laissent tous présupposer une part matérielle dans l’âme. Au seuil du xvi^e siècle, les universités italiennes hébergent des penseurs hardis (dont le plus notoire est Pierre Pomponace) qui osent relancer l’interprétation averroïste d’Aristote selon laquelle le Stagyrite présuppose la matérialité et la mortalité de l’âme. Après les décrets du Concile de Latran qui en 1513 réaffirment l’immortalité de l’âme et l’unicité de la vérité théologique et philosophique, un grand nombre de philosophes et de médecins, entre autres Jérôme Cardan et Jules-César Scaliger, s’intéressent à cette question ; et il y a un renouveau d’études physiognomoniques et métoposcopiques. La frontière qui sépare la théologie et la philosophie se trouvant de nouveau menacée, des penseurs catholiques comme Benito Pereira tentent de rétablir un certain équilibre en scindant la métaphysique en deux pour « sauver » l’intégrité de la métaphysique scolastico-aristotélicienne en même temps qu’ils prônent une enquête philosophique sur la nature de l’âme. Dans leur sillage, Francisco Suárez inaugure une science physique de l’âme, ce qui s’était déjà produit chez certains protestants, dont Melanchthon et ceux qui le suivent dans cette voie, notamment Bartholomaeus Keckermann et Johann Heinrich Alsted. Du côté des catholiques comme de celui des protestants, deux problèmes restent sans résolution : celui de l’origine de l’âme, et celui de la ligne de démarcation entre physique et métaphysique.