Navigation – Plan du site

AccueilLes journées de la SAP35(S)Résumés des journées 2023GRUPS-rs, un logiciel haute-perfo...

Résumés des journées 2023

GRUPS-rs, un logiciel haute-performance d’estimation des relations de parenté génétique dédié à l’ADN ancien reposant sur des simulations d’arbres généalogiques

GRUPS-rs, a high-performance ancient DNA genetic relatedness estimation software relying on pedigree simulations
Maël Lefeuvre, Michael D. Martin, Flora Jay, Marie-Claude Marsolier, Alexis Corrochano, Anaïs Lebrun et Céline Bon

Texte intégral

1L’étude des relations de parenté génétique proches (parents, enfants, cousins, etc.) jouit aujourd’hui d’une place de plus en plus importante dans le domaine de la paléogénétique comme un moyen de caractériser l’organisation sociale des sociétés du passé. Cette approche reste néanmoins difficile à mettre en œuvre lors d’analyses de routine, en particulier dans le cas de populations et/ou sites archéologiques peu caractérisés, vu l’importante dégradation du matériel génétique couramment observée dans les vestiges osseux humains. Pour l’heure, plusieurs outils d’estimation de la parenté génétique dédiés à l’ADN ancien proposent de pallier cette difficulté en appliquant leurs méthodes sur une cohorte d’individus à tester, afin d’obtenir une puissance statistique suffisante. Bien que généralement robustes, ces méthodes possèdent donc une limite intrinsèque lorsque le nombre d’individus à tester est restreint. En réponse, nous présentons ici une mise à jour et une ré-implémentation complète de "GRUPS", un logiciel d’estimation de la parenté génétique dédiée à l’ADN ancien reposant sur les méthodes initialement développées dans Martin M.D., et al. (2017). Cette mise à jour offre une amélioration substantielle des performances d’exécution du logiciel, et s’accompagne d’une interface utilisateur accessible, permettant de visualiser interactivement les résultats obtenus. En s’articulant autour de simulations d’arbres généalogiques en des milliers de réplicats, l’algorithme proposé par GRUPS permet de s’affranchir de la nécessité de travailler sur une cohorte d’individus anciens, en dégageant une puissance statistique suffisante pour estimer les relations de parenté sur une simple paire d’individus. Enfin, GRUPS offre l’opportunité d’examiner des liens de parenté allant au-delà du 2nd degré (ex : cousins, arrière-grands-parents, etc.) et est, à ce jour, le seul outil en mesure de prendre en considération la contamination humaine moderne et les erreurs de séquençage dans ses simulations, et ainsi tenir compte des biais que ces paramètres peuvent introduire.

Haut de page

Pour citer cet article

Référence électronique

Maël Lefeuvre, Michael D. Martin, Flora Jay, Marie-Claude Marsolier, Alexis Corrochano, Anaïs Lebrun et Céline Bon, « GRUPS-rs, un logiciel haute-performance d’estimation des relations de parenté génétique dédié à l’ADN ancien reposant sur des simulations d’arbres généalogiques »Bulletins et mémoires de la Société d’Anthropologie de Paris [En ligne], 35(S) | 2023, mis en ligne le 14 janvier 2023, consulté le 28 janvier 2023. URL : http://journals.openedition.org/bmsap/11299 ; DOI : https://doi.org/10.4000/bmsap.11299

Haut de page

Auteurs

Maël Lefeuvre

UMR 7206 Éco-anthropologie, MNHN, CNRS, Université de Paris, Musée de l’Homme, Paris, France
mael.lefeuvre[at]mnhn.fr

Articles du même auteur

Michael D. Martin

Department of Natural History, NTNU University Museum, Norwegian University of Science and Technology (NTNU), Trondheim, Norway

Flora Jay

UMR 9015 Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique (LISN), Université Paris-Saclay, CNRS, INRIA, Orsay, France

Marie-Claude Marsolier

UMR 7206 Éco-anthropologie, MNHN, CNRS, Université de Paris, Musée de l’Homme, Paris, France ; UMR 9198 Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), CNRS, CEA, Université Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette, France

Articles du même auteur

Alexis Corrochano

UMR 5608 Travaux et Recherches en Archéologie sur les Cultures, les Espaces et les Sociétés (TRACES), CNRS, Université Toulouse Jean-Jaurès, Toulouse, France ; Éveha – Études et Valorisations Archéologiques, Ivry-sur-Seine, France

Anaïs Lebrun

Éveha – Études et Valorisations Archéologiques, Ivry-sur-Seine, France

Articles du même auteur

Céline Bon

UMR 7206 Éco-anthropologie, MNHN, CNRS, Université de Paris, Musée de l’Homme, Paris, France

Articles du même auteur

Haut de page

Droits d’auteur

CC-BY-NC-ND-4.0

Creative Commons - Attribution - Pas d'Utilisation Commerciale - Pas de Modification 4.0 International - CC BY-NC-ND 4.0

https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/

Haut de page
  • Logo Société d'Anthropologie de Paris
  • Logo Fonds National pour la Science Ouverte
  • Revue soutenue par l’Institut des sciences humaines et sociales du CNRS
    CNRS - Institut national des sciences humaines et sociales
  • OpenEdition Journals
Search OpenEdition Search

You will be redirected to OpenEdition Search