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Résumés des journées 2024

Fabrication de sondes à ARN biotinylées à partir d’ADN de sang complet de macaques à crête (Macaca nigra) afin d’étudier la parenté dans les populations sauvages

Generating biotinylated RNA baits from whole blood DNA of crested macaques (Macaca nigra) to study relatedness in wild populations
Amelie Chimenes, Helene Quach et Julie Duboscq

Texte intégral

1Comment rendre plus efficiente l’analyse génétique de la parenté des primates en milieu naturel par rapport à l’utilisation de marqueurs microsatellites et comment générer des données génétiques à l’échelle du génome dans le but d’étudier l’histoire évolutive de ces animaux sauvages ? Sur le terrain, l’échantillonnage se veut non invasif et les fèces fournissent un ADN dégradé, en faible quantité et contaminé avec de l’ADN environnemental, avec seulement ~1 % de l’ADN contenu dans les extraits correspondant à celui des animaux échantillonnés. Ces contraintes entrainent non seulement des coûts élevés de séquençage, mais également des biais d’analyse génétique de la parenté. Une manière de surmonter ces contraintes est d’enrichir les extraits d’ADN de fèces en ADN endogène par l’utilisation de sondes à ARN biotinylées permettant ainsi de capturer spécifiquement l’ADN des animaux étudiés et d’éliminer l’ADN environnemental. Le but de notre étude est de mettre au point des sondes à ARN à partir d’ADN extrait du sang complet de macaques à crête, mais également à partir d’ADN de sang humain, servant ainsi de référentiel technique. La fragmentation enzymatique de l’ADN de macaque a donné non seulement des résultats très différents par rapport à la fragmentation de l’ADN humain, mais également par rapport aux tests du fabricant du kit. Beaucoup de matériel génétique a été perdu lors des étapes de purification et la double digestion des fragments d’ARN après transcription de l’ADN a entrainé leur destruction complète. Ceci a eu comme conséquence l’impossibilité de fabriquer ces sondes. Toutefois, au vu de ces résultats, une solution pourrait être de simplifier la méthode en fabricant des sondes à ADN, ce qui permettrait de s’affranchir de nombreuses étapes de purification et de la transcription.

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Pour citer cet article

Référence électronique

Amelie Chimenes, Helene Quach et Julie Duboscq, « Fabrication de sondes à ARN biotinylées à partir d’ADN de sang complet de macaques à crête (Macaca nigra) afin d’étudier la parenté dans les populations sauvages »Bulletins et mémoires de la Société d’Anthropologie de Paris [En ligne], 36(S) | 2024, mis en ligne le 22 décembre 2023, consulté le 21 février 2024. URL : http://journals.openedition.org/bmsap/12524 ; DOI : https://doi.org/10.4000/bmsap.12524

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Auteurs

Amelie Chimenes

Unité Éco-anthropologie (EA) UMR 7206, MNHN, CNRS, Université de Paris, Musée de l’Homme, Paris, France ; amelie.chimenes[at]mnhn.fr

Articles du même auteur

Helene Quach

Unité Éco-anthropologie (EA) UMR 7206, MNHN, CNRS, Université de Paris, Musée de l’Homme, Paris, France

Julie Duboscq

Unité Éco-anthropologie (EA) UMR 7206, MNHN, CNRS, Université de Paris, Musée de l’Homme, Paris, France

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Droits d’auteur

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