Liste des thèses et des habilitations à diriger des recherches (HDR) en anthropologie soutenues en 2025
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AIX-MARSEILLE UNIVERSITÉ
Siam KNECHT
1Apport de l’intelligence artificielle pour améliorer l’estimation du sexe et du nombre minimum d’individus en anthropologie médico-légale
Contribution of artificial intelligence to improving the estimation of sex and minimum number of individuals in forensic anthropology
2Thèse soutenue le 12 décembre 2025 devant le jury composé de :
Directeurs
Pascal ADALIAN, UMR 7268 ADES, France
Christophe ROMAN, UMR 7020 LIS, France
Rapportrices
Eugenia CUNHA, Université de Coimbra, Portugal
Valérie LOUIS, UMR 7039 CRAN, France
Examinateur·trice·s
Didier THEILLIOL, UMR 7039 CRAN, France
Mustapha OULASDINE, UMR 7020 LIS, France
Christina CATTANEO, Université de Milan, Italie
3Résumé – L’estimation du sexe et du Nombre Minimum d’Individus (NMI) représente un enjeu fondamental en anthropologie médico-légale pour parvenir à l’identification de restes humains en contexte forensique. Ces deux étapes clés, qui sont essentielles à la chaîne d’identification, se doivent de reposer sur des méthodes rigoureuses, reproductibles et transparentes. Cette thèse propose et valide deux approches quantitatives utilisant les os longs, qui répondraient à un contexte d’absence du bassin, mais aussi de mélange ou de fragmentation des os présents. Ainsi, quatre os longs (humérus, radius, fémur, tibia) ont été mesurés sur plus de 3 000 individus provenant de neuf collections ostéologiques d’origines géographiques différentes. La première méthode, dédiée à l’estimation du sexe, repose sur l’utilisation approfondie des algorithmes d’apprentissage automatique (Machine Learning). Testée avec onze classificateurs sur plusieurs jeux de test indépendants, elle atteint des taux de classification correcte largement supérieurs à 90 %, tout en se montrant robuste aux variations inter-observateurs et adaptable à différents niveaux de complétude des données et de certitude dans la réponse apportée. La seconde méthode vise à estimer le NMI par exclusion morphométrique. En modélisant les relations allométriques entre les os longs, elle détecte des incompatibilités assurant qu’un fragment ne peut appartenir à un même individu. Nous avons pu démontrer que cette approche surpasse les méthodes classiques par fréquence, notamment dans les assemblages complexes, tout en restant conservatrice. Conçues pour une application directe sur le terrain, ces deux approches répondent pleinement aux critères Daubert de transparence, fiabilité et reproductibilité.
4Mots-clés – anthropologie médico-légale, machine learning, estimation du sexe, nombre minimum d’individus
5Abstract – Sex estimation and Minimum Number of Individuals (MNI) is a fundamental issue in forensic anthropology, when it comes to identifying human remains in a forensic context. These two key steps, which are essential to the identification chain, must be based on rigorous, reproducible and transparent methods. This thesis proposes and validates two quantitative approaches using long bones, which would respond to a context of absence of the pelvis, but also of commingling or fragmentation of the bones present. Four long bones (humerus, radius, femur, tibia) were measured on over 3,000 individuals from nine osteological collections of different geographical origins. The first method, dedicated to sex estimation, is based on the extensive use of Machine Learning algorithms. Tested with eleven classifiers on several independent test sets, it achieves correct classification rates well in excess of 90%, while proving robust to inter-observer variations and adaptable to different levels of data completeness and certainty of response. The second method aims to estimate NMI by morphometric exclusion. By modeling the allometric relationships between long bones, it detects incompatibilities ensuring that a fragment cannot belong to the same individual. We have been able to demonstrate that this approach outperforms conventional frequency-based methods, particularly in complex assemblies, while remaining conservative. Designed for direct application in the field, these two approaches fully meet the Daubert criteria of transparency, reliability, and reproducibility.
6Keywords – forensic anthropology, machine learning, sex estimation, minimum number of individuals
Marine MEUCCI DULY
7La gestion des corps de soldats en France : exemple de la Première Guerre mondiale
The management of soldiers’ remains in France: example of the First World war
8Thèse soutenue le 10 juin 2025 devant le jury composé de :
Directrices
Caroline COSTEDOAT, UMR 7268 ADES, France
Emeline VERNA, UMR 7268 ADES, France
Rapporteurs
Eric CRUBEZY, UMR 5288 CAGT, France
Nicholas MARQUEZ-GRANT, Université de Cranfiled, Royaume-Uni
Examinateurs
Michel SIGNOLI, UMR 7268 ADES, France
Dejan DIMITRIJEVIC, LADEC, France
9Résumé – Avec un chiffre officiellement arrêté à 9,7 millions de morts militaires, la Première Guerre mondiale est une catastrophe humaine responsable d’une hécatombe à grande échelle. Les soldats dont les corps n’ont pas été retrouvés sont encore aujourd’hui au nombre de 700000, toutes nationalités confondues. C’est dans ce contexte précis que s’inscrit la recherche de thèse "La gestion des corps de soldats en France : exemple de la Première Guerre mondiale", ces soldats disparus étant encore découverts chaque année dans une grande variété de contextes, allant des chantiers aux découvertes fortuites. La prise en charge de ces corps est la responsabilité du ministère des Armées et plus particulièrement de l’Office National des Combattants et des Victimes de Guerre, comme le prévoit différentes mesures législatives, toutes en lien avec le statut "Mort pour la France" de ces soldats. De ce constat, un protocole de prise en charge archéo-anthropologique de sauvetage, mais également un protocole d’analyse anthropologique des restes humains ont été construits. La création de ces protocoles se base sur les cadres législatifs, administratifs, techniques et scientifiques dans lesquels s’inscrivent ces corps, dont la caractérisation n’est ni archéologique ni judiciaire. D’un point de vue plus global, l’étude de ces découvertes et des squelettes associés permet de dégager des réflexions plus larges notamment sur les contextes d’inhumation ou d’ensevelissement de ces corps, les conditions sanitaires ou encore les conséquences traumatiques (osseuses) de l’artillerie de l’époque. Pour répondre à tous les enjeux et problématiques que soulèvent la prise en charge et l’analyse des corps de soldats de la Première Guerre mondiale, il est indispensable de considérer une étude interdisciplinaire faisant appel à l’archéologie, l’anthropologie, l’histoire, l’éthique ou encore les études juridiques. L’utilisation d’autant de disciplines complémentaires permet une caractérisation exhaustive de ces sites, mais également l’individualisation et l’identification de ces corps, destinés à être inhumés dans une sépulture perpétuelle aux frais de l’État ou à être rendus à leurs descendants.
10Mots-clés – anthropologie biologique, archéologie, première Guerre-Mondiale, soldat
11Abstract – With an official number of 9.7 million military deaths, World War I was a human catastrophe responsible for large-scale devastation. The number of soldiers whose bodies have never been recovered still stands at 700,000 today, which include all nationalities. It is within this specific context that the doctoral research "The Management of Soldiers’ Remains in France: The Example of World War I" takes place, as these missing soldiers continue to be discovered each year in a wide variety of contexts, from construction sites to accidental findings. The responsibility for handling these remains falls to the Ministry of the Armed Forces, and more specifically, to the National Office for Veterans and War Victims, in accordance with various legislative measures, all related to the "Died for France" status of these soldiers. From this observation, both an emergency rescue protocol for archaeo-anthropological recovery and a protocol for the anthropological analysis of human remains have been developed. The creation of these protocols is based on the legislative, administrative, technical, and scientific frameworks within which these remains are classified, as their characterisation is neither strictly archaeological nor judicial. From a broader perspective, studying these discoveries and the associated skeletons provides insight into larger issues, notably on the contexts in which these bodies were buried (or not buried), sanitary conditions, and the traumatic (skeletal) consequences of contemporary artillery. To address all the challenges and issues related to the recovery and analysis of World War I soldiers’ remains, an interdisciplinary approach is essential, using archaeology, anthropology, history, ethics, and legal studies. The use of such complementary disciplines enabled an exhaustive characterisation of these sites, as well as the individualisation and identification of these remains, which are intended either for burial in a perpetual grave at the state’s expense or for return to their descendants.
12Keywords – biological anthropology, archaeology, World War I, soldier
Gaëlle GRANIER
13La mort et les morts durant l’Antiquité. Conceptions, pratiques, populations
Death and the dead in Antiquity. Beliefs, practices, populations
14Habilitation à Diriger des Recherches soutenue le 23 janvier 2025 devant le jury composé de :
Rapportrices
Julie BERBIS, APHM-EA 3279, France
Dominique CASTEX, UMR 5199 PACEA, France
Examinateur·rice·s
Mélie LE ROY, Université de Bornemouth, Royaume-Uni
Marc HEIJMANS, UMR 7299 CCJ, France
Valentin BOTTEZ, Université de Bucarest, Hongrie
Jean-Louis MEGE, UMR 7268 ADES, France
15Résumé – Ce mémoire présente mon activité scientifique depuis ma thèse, résultante d’un parcours que j’ai très tôt orienté vers l’interdisciplinarité. Dans une première section, un avant-propos en retrace les principales étapes chronologiques, afin d’exposer la logique qui m’a menée aux thématiques de recherche que je développe aujourd’hui et que je compte poursuivre. Ces thématiques sont ensuite développées dans quatre chapitres. La première thématique de recherche s’attache à caractériser l’évolution de la conception de la mort et de la gestion des morts durant l’Antiquité au sens large en occident, c’est-à-dire désormais du premier millénaire aEC (englobant les contextes grecs et celtes) jusqu’au VIe siècle EC (fin de la période romaine impériale et transition avec le Haut Moyen Âge). Le second chapitre rend compte des recherches collaboratives que je mène sur les paléopollutions et la santé des populations antiques, et leurs développements à venir. Cette recherche a démarré avec l’étude de la pollution spécifique au plomb (de son extraction à ses multiples utilisations, en passant par sa transformation) durant la période romaine impériale. Un troisième axe de recherche vise à mettre en place ou participer à des réflexions méthodologiques, qu’elles soient directement en lien avec une recherche fondamentale en cours ou bien qu’elle reflète plutôt ma volonté de participer à l’évolution et l’amélioration permanente de mon champ disciplinaire. Le quatrième chapitre rend compte de la mise en place d’un vaste projet Européen IDeath et d’une société internationale d’archéothanatologie. Dans une seconde section sont exposés mon parcours académique, mes projets de recherche, mes responsabilités administratives et scientifiques, mes activités pédagogiques et d’enseignement, ma production scientifique et mes activités de terrain.
16Mots-clés – archéothanatologie, pratiques mortuaires, populations, Antiquité, périodes romaine et grecque, âge du Fer
17Abstract – This thesis presents my scientific activity since my doctoral thesis, the result of a career path that I oriented towards interdisciplinarity very early on. In the first section, a foreword outlines the main chronological stages to explain the logic that led me to the research topics I am developing today and intend to pursue. These topics are then developed in four chapters. The first research theme focuses on characterising the evolution of the conception of death and the management of the dead during Antiquity in the broad sense in the West, i.e. from the first millennium BCE (encompassing the Greek and Celtic contexts) to the 6th century CE (end of the Roman Imperial period and transition to the Early Middle Ages). The second chapter reports on my collaborative research on paleopollution and the health of ancient populations, and its future developments. This research began with a study of lead pollution (from its extraction to its multiple uses, including its transformation) during the Roman Imperial period. A third area of research aims to establish or participate in methodological reflections, whether directly related to ongoing fundamental research or reflecting my desire to participate in the ongoing evolution and improvement of my field of study. The fourth chapter describes the establishment of a large-scale European project called IDeath and an international society for archaeothanatology. The second section outlines my academic background, research projects, administrative and scientific responsibilities, teaching activities, scientific publications and fieldwork.
18Keywords – archaeothanatology, mortuary practices, populations, antiquity, Roman period, Greek period, Iron Age
MUSÉUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE
Maël LEFEUVRE
19Parents, enfants, cousins… Reconstituer les relations de parenté biologique des vestiges humains en contexte archéologique par des approches paléogénétiques
Parents, siblings, cousins... Reconstructing genetic kin relationships of human remains within an archaeological context using paleogenetic approaches
20Thèse soutenue le 04 décembre 2025 devant le jury composé de :
Directeur·trice·s
Marie-Claude MARSOLIER-KERGOAT, UMR 7206 Eco-Anthropologie, France
Céline BON, UMR 7206 Eco-Anthropologie, France
Alexis CORROCHANO, UMR 5608 TRACES, France
Rapporteur·trice·s
Mélanie PRUVOST, UMR 5199 PACEA, France
Mehmet SOMEL, Université Technique du Moyen Orient, Turquie
Examinateur·trice·s
Pierre PETERLONGO, UMR 6074 IRISA, France
Laure SALANOVA, UMR 7055 TEMPS, France
21Résumé – Les liens de parenté génétique sont considérés comme un aspect structurant des relations humaines qui régit de nombreuses lois, coutumes et structures sociales. Cependant, identifier ces liens dans les sociétés du passé reste à ce jour un défi méthodologique de taille, en particulier pour celles dont les registres écrits sont parcellaires, voire inexistants. Afin de caractériser les relations de parenté génétique, les approches ciblant les chromosomes autosomaux sont les seules permettant de tenir compte des deux lignées parentales et de préciser le degré de proximité génétique séparant deux individus (parents, enfants, cousins, etc.). De nombreuses méthodes statistiques permettent aujourd’hui d’inférer des liens de parenté génétique à partir d’ADN ancien. Pour autant, le manque d’études formelles concernant la fiabilité des résultats obtenus par ces méthodes entrave bien souvent leur utilisation concrète, en particulier dans le cas d’échantillons mal préservés. Aussi, une estimation complète et précise des liens de parenté biologique présents sur un site archéologique demeure souvent inaccessible, bien qu’elle soit à bien des égards un critère crucial pour restituer l’organisation sociale des populations anciennes. L’objectif de ce doctorat est donc de contribuer à l’élaboration d’un cadre d’étude facilitant le déploiement à grande échelle de l’analyse des relations de parenté génétique sur des sites archéologiques. Dans un premier temps, mes travaux ont conduit au développement du logiciel GRUPS-rs, grâce à la refonte complète de GRUPS, un protocole de détermination de la parenté génétique initialement développé par Michael D. Martin et collaborateur·rices en 2017. Ce travail a permis une amélioration significative des performances d’estimation de l’outil initial, notamment via la mise en place d’un algorithme de machine-learning supervisé (SVM) et d’une procédure optimisée d’indexation des données par automates finis (DAFSA). Dans un second temps, je présente les résultats d’une étude comparative standardisée, qui m’a progressivement amené au développement de "BADGER’’ (Benchmark Ancient DNA GEnetic Relatedness), un logiciel automatisé, conçu pour évaluer conjointement les performances de GRUPS-rs et de cinq autres méthodes d’estimation de la parenté génétique couramment utilisées en paléogénétique. S’appuyant sur des simulations d’arbres généalogiques et de séquences d’ADN ancien, BADGER est une application logicielle réutilisable par la communauté scientifique, permettant d’obtenir un bilan des performances attendues d’une méthode donnée, sur la base des paramètres biologiques spécifiques au matériel génétique disponible. BADGER a permis de tester ces méthodes sur une large gamme de paramètres biologiques fréquemment rencontrés en paléogénétique (i.e. faible couverture de séquençage, contamination par de l’ADN humain moderne, ADN endommagé, présence d’individus consanguins ou métissés). Enfin, l’ensemble des connaissances acquises tout au long de ce projet m’ont permis d’appliquer ces méthodes à un ensemble de sites archéologiques en cours d’étude par les équipes du laboratoire Éco-anthropologie et de l’opérateur privé d’archéologie préventive Éveha. Je présente par conséquent trois cadres d’application, selon trois stratégies d’échantillonnage, à travers les différents sites que j’ai pu analyser, notamment : (I) l’analyse de sujets cibles, suspectés apparentés sur critères archéologiques, sur les sites de Mentesh Tepe et Ovçular-Tepesi (actuel Azerbaïdjan), (II) l’analyse d’ensembles restreints de sujets inhumés sur un même site funéraire, sur les nécropoles de Villiers-le-Bâcle – "Les Fonds d’Orsigny" – et de Tremblay-en-France – "Vallon du Sausset", et (III) l’analyse d’un maximum de sujets inhumés au sein d’une même nécropole, à la fois sur un ensemble de sites archéologiques attribués à la culture de Cerny, et sur les hypogées néolithiques de Saint-Memmie et du Mesnil-sur-Oger "Les Mournouards".
22Mots-clés – ADN ancien, parenté génétique, paléogénétique, étude comparative, simulation in-Silico
23Abstract – Genetic relatedness is considered a structuring aspect of human relations, governing many laws, customs, and social structures. However, identifying these biological links in past societies remains a substantial methodological challenge to this day, particularly for those with incomplete or non-existent written records. In order to ascertain close genetic ties, approaches targeting autosomal chromosomes are the only ones able to take into account the lineal descents of both parents, as well as specify the degree of genetic proximity between two individuals (parents, offspring, cousins, etc.). Numerous statistical methods now permit the inference of genetic relatedness from ancient DNA. However, the lack of formal studies regarding the reliability of the results obtained from these methods hinders their practical use, particularly in the case of poorly preserved samples. As a result, a complete and accurate assessment of close genetic ties within a given archaeological site often remains unfeasible, despite being in many regards a crucial criterion to piece together the social organisation of ancient populations. The aim of this thesis is therefore to contribute to the development of a framework facilitating the large-scale deployment of genetic relatedness analyses within archaeological sites. My research first led to the development of the software GRUPS-rs, which was achieved through a complete overhaul of GRUPS, a protocol for the determination of genetic relatedness initially developed by Michael D. Martin and colleagues in 2017. This development provided significant improvements to the estimation performance compared to the original method, notably through the implementation of a supervised machine learning algorithm (SVM), and an optimised data-indexing procedure using finite-state automata (DAFSA). Secondly, I present the results of a standardised comparative study, which gradually led me to the development of ‘’BADGER’’ (Benchmark Ancient DNA GEnetic Relatedness), an automated software designed to evaluate the performance of GRUPS-rs and five other commonly used paleogenetic methods of estimating genetic relatedness. Drawing on the simulation of pedigrees and ancient DNA sequences, BADGER can be repurposed by the scientific community to assess the expected performance of a given method based on biological parameters specific to the available genetic material. BADGER made it possible to benchmark these methods on a wide range of biological parameters frequently encountered in palaeogenetics (i.e., low sequencing depth, contamination by modern human DNA, DNA damage, presence of inbred or admixed individuals).Finally, the knowledge acquired throughout this project has enabled me to apply these methods to a number of archaeological sites currently being studied by the Eco-anthropology laboratory and the preventive archaeological research private operator "Éveha". Based on the various sites I have analysed, I present three application frameworks, according to three sampling strategies, namely: (I) The analysis of focal individuals, suspected to be genetically related based on archaeological criteria, at the sites of Mentesh Tepe and Ovçular-Tepesi (Azerbaijan); (II) the analysis of a restricted number of individuals, interred in the same funerary site, at the necropolises of Villiers-le-Bâcle – ‘Les Fonds d’Orsigny’ – and Tremblay-en-France – "Vallon du Sausset"; and (III) the analysis of a maximum number of collectively buried subjects, on a group of archaeological sites attributed to the Cerny culture, as well as on the Neolithic hypogea of Saint-Memmie and Mesnil-sur-Oger "Les Mournouards".
24Keywords – ancient DNA, genetic relatedness, paleogenetics, benchmarks, in-Silico simulations
Laurianne LEQUETTE
25L’Égypte de l’Antiquité tardive face à la peste justinienne. Étude archéo-anthropologique et comparative d’un cimetière de crise à Alexandrie : le cimetière du "Garage Lux"
Late Antiquity Egypt facing the Justinian plague. Archaeological, anthropological, and comparative study of a crisis cemetery in Alexandria: the "Garage Lux"
26Thèse soutenue le 19 septembre 2025 devant le jury composé de :
Directeur·trice·s
Pascal SELLIER, UMR 7206 Eco-Anthropologie, France
Dominique CASTEX, UMR 5199 PACEA, France
Marie-Dominique NENNA, UAR3134 CEALEX, France
Rapporteurs
Michel SIGNOLI, UMR 7268 ADES, France
Alexis WILKINS, Université Libre de Bruxelles, Belgique
Examinateurs
Patrice GEORGES-ZIMMERMANN, UMR 5608 TRACES, France
Sacha KACKI, UMR 5199 PACEA, France
Benoît ROSSIGNOL, UMR 5189 HISOMA, France
27Résumé – L’histoire des grandes épidémies s’est longtemps appuyée sur les sources écrites. Chroniques, récits ecclésiastiques et documents administratifs décrivent les crises sanitaires comme des moments de désorganisation profonde, souvent associés à d’autres formes de tensions (pénuries, troubles politiques, conflits religieux, catastrophes naturelles). Si ces textes constituent des sources indispensables, ils renseignent inégalement sur les effets concrets des épidémies sur les pratiques funéraires et l’organisation des espaces d’inhumation. L’essor de l’archéo-anthropologie et des approches bioarchéologiques a profondément renouvelé ce champ de recherche, en permettant de confronter ces récits aux traces matérielles laissées par les sociétés ayant fait face à une mortalité exceptionnelle. Dans ce cadre, la première pandémie de peste, dite "justinienne" (VIe-VIIIe siècles), occupe une place particulière. Décrite par les sources antiques et médiévales comme apparaissant à partir de 541 apr. J.-C., notamment dans les ports égyptiens de Péluse ou d’Alexandrie, elle affecte durablement le monde méditerranéen jusqu’au VIIIe siècle. Si les analyses paléogénomiques ont désormais identifié Yersinia pestis comme l’agent pathogène responsable et confirmé une origine asiatique de la maladie (Asie centrale, Chine, Inde), les traces archéologiques associées à cette pandémie sont rares et inégalement réparties. Les sites funéraires attribués à des épisodes de peste justinienne sont majoritairement concentrés en Europe occidentale, alors même que l’Égypte est régulièrement présentée par les sources comme un foyer précoce de diffusion. C’est dans ce contexte que s’inscrit l’étude du cimetière chrétien du Garage Lux, fouillé à Alexandrie entre 2000 et 2002. Daté des VIe-VIIe siècles apr. J.-C., ce site a livré plus de 300 individus inhumés selon des modalités variées, incluant des sépultures multiples à dépôts simultanés, fréquemment interprétées comme des marqueurs de crise de mortalité. La chronologie relativement resserrée du site et les simultanéités des dépôts funéraires, associées à un recrutement particulier de la population, suggéraient une crise de mortalité dont la nature restait à préciser. L’objectif principal de ce travail a ainsi été d’évaluer la validité de cette hypothèse, et de déterminer si le Garage Lux pouvait être interprété comme un espace funéraire lié à une crise sanitaire majeure dont les caractéristiques chronologiques et biologiques permettaient de l’inscrire dans le cadre des résurgences de la peste justinienne documentées entre le VIe et le VIIIe siècle apr. J.-C. Afin de dépasser les limites inhérentes à l’étude d’un site isolé, ce travail s’appuie sur une approche comparative intégrant une collection issue du secteur 3 de la nécropole du Pont de Gabbari, également située à Alexandrie et occupée sur une chronologie partiellement contemporaine au Garage Lux. L’étude de ce cimetière, caractérisé par un recrutement démographique considéré comme "naturel", permet de distinguer les spécificités d’une mortalité de crise de celles relevant du fonctionnement ordinaire d’un espace funéraire urbain. Cette comparaison intra-urbaine permet ainsi d’interroger la manière dont une surmortalité prolongée se traduit dans l’organisation des espaces d’inhumation et le recrutement biologique des populations, et d’examiner les continuités et les éventuelles ruptures des pratiques funéraires en contexte de crise.
28Mots-clés – Alexandrie, épidémie, Yersinia pestis, peste, Justinien, cimetière, crise, archéothanatologie, recrutement, anomalies, santé
29Abstract – The history of major epidemics has long relied on written sources. Chronicles, ecclesiastical accounts, and administrative documents describe health crises as periods of profound disruption, often associated with other forms of tension such as shortages, political unrest, religious conflict, or natural disasters. While these texts constitute indispensable sources, they provide uneven information regarding the concrete effects of epidemics on funerary practices and the organization of burial spaces. The development of archaeo-anthropology and bioarchaeological approaches has profoundly renewed this field of research by enabling confrontation between these narratives and the material traces left by societies facing exceptional mortality. Within this framework, the first plague pandemic, known as the "Justinianic" plague (6th-8th centuries CE), occupies a particular place. Described in ancient and medieval sources as emerging from 541 CE onward – particularly in Egyptian ports such as Pelusium and Alexandria – it affected the Mediterranean world over the long term until the 8th century. While paleogenomic analyses have now identified Yersinia pestis as the responsible pathogen and confirmed an Asian origin of the disease (Central Asia, China, India), archaeological evidence associated with this pandemic remains scarce and unevenly distributed. Funerary sites attributed to episodes of the Justinianic plague are largely concentrated in Western Europe, even though Egypt is regularly presented in the sources as an early center of diffusion. It is within this context that the study of the Christian cemetery of Garage Lux, excavated in Alexandria between 2000 and 2002, is situated. Dated to the 6th-7th centuries CE, this site yielded more than 300 individuals buried according to varied modalities, including multiple graves with simultaneous deposits, frequently interpreted as markers of mortality crises. The relatively narrow chronology of the site, the simultaneity of funerary deposits, and the particular demographic recruitment suggested a mortality crisis whose nature remained to be determined. The primary objective of this research was therefore to assess the validity of this hypothesis and to determine whether Garage Lux could be interpreted as a funerary space linked to a major health crisis whose chronological and biological characteristics would allow it to be placed within the framework of the resurgences of the Justinianic plague documented between the 6th and 8th centuries CE. In order to overcome the limitations inherent in the study of an isolated site, this work adopts a comparative approach integrating a collection from sector 3 of the Pont de Gabbari necropolis, also located in Alexandria and occupied during a chronology partially contemporaneous with that of Garage Lux. The study of this cemetery, characterized by a demographic recruitment considered "natural", makes it possible to distinguish the specific features of crisis mortality from those reflecting the ordinary functioning of an urban funerary space. This intra-urban comparison thus allows for an examination of how prolonged excess mortality is reflected in the organization of burial spaces and the biological recruitment of populations, as well as an assessment of continuities and potential disruptions in funerary practices in a crisis context.
30Keywords – Alexandria, epidemic, Yersinia pestis, plague, Justinian, cemetery, crisis, archaeothanatology, recruitment, anomalies, health
PARIS SCIENCES ET LETTRES – ÉCOLE PRATIQUE DES HAUTES ÉTUDES
Camille COUPEUR
31État sanitaire des populations rouennaises à l›époque moderne (XVIe-XVIIIe siècles)
Health status of modern age populations living in Rouen (16th-18th centuries)
32Thèse soutenue le 01 septembre 2025 devant le jury composé de :
Directeur·trice·s
Olivier DUTOUR, UMR 6034 Archéosciences & EPHE-PSL, France
Aminte THOMANN, INRAP Grand Ouest, France
Rapporteur·rice·s
György PÁLFI, Université de Szeged, Hongrie
Caroline POLET, Institute of Natural Sciences, Belgium
Examinateur·rice·s
Hélène COQUEUGNIOT, UMR 6034 Archéosciences & EPHE-PSL, France
William VAN ANDRINGA, EPHE-PSL, France
Cécile CHAPELAIN DE SERÉVILLE-NIEL, CNRS, France
33Résumé – Cette thèse a pour but de mieux connaître l’état sanitaire des populations vivants à Rouen à l’Époque Moderne à travers une étude paléopathologique et paléoépidémiologique. Pour cela, un corpus de 552 individus issus de trois collections provenant de différents quartiers de la ville a été constitué et étudié macroscopiquement de la manière la plus exhaustive possible. Les données générées lors d’une telle démarche étant importantes, la première étape de ce travail a été la programmation d’une base de données permettant non seulement d’enregistrer les observations réalisées sur les individus, mais aussi d’extraire de façon automatisée une série d’indices paléoépidémiologiques, notamment des prévalences et des fréquences, calculées à partir de ces enregistrements. La réalisation de cette base de données servant à l’enregistrement des observations paléopathologiques et permettant la génération d’indices paléoépidémiologiques a permis d’acquérir, là encore, une très grande quantité de données supplémentaires sur l’état sanitaire des collections étudiées. Une autre étape importante de ce travail a alors été de définir, à partir des indices paléoépidémiologiques générés lesquels étaient pertinents pour la reconstitution des états sanitaires et des modes de vie des populations, engendrant ainsi une réflexion méthodologique quant au choix de ces indices. Ceux-ci ont alors été sélectionnés et répartis selon trois catégories en fonction du type d’informations qu’ils fournissent, les marqueurs de pauvreté, les marqueurs de longévité et les marqueurs d’activités. La comparaison de ces différents marqueurs ont alors permis d’apporter des éclairages sur l’état sanitaire des populations vivants à Rouen à l’Époque Moderne, dans les quartiers de Saint-Maclou, de Saint-Godard et de Saint-Éloi, mais aussi sur la topographie sociale de la ville. Pour les marqueurs de pauvreté par exemple, les individus de la ville de Rouen semblent en effet tous avoir été exposés aux mêmes agents pathogènes et aux mêmes circonstances climatiques, avec une forte présence de la tuberculose et de nombreux signes de pathologies carentielles observés dans les trois quartiers. Ces conditions sont souvent observées chez les populations urbaines de l’Époque Moderne, la tuberculose étant très répandue en Europe pour cette période et les dégradations climatiques liées au Petit Âge Glaciaire ayant causé de nombreuses disettes et famines pour cette même époque. Si les prévalences de ces maladies sont semblables entre les trois quartiers, des disparités ont cependant été observées concernant la résistance des habitants de chaque quartier face à ces conditions. Ces différences de résistance sont perceptibles en étudiant de manière plus approfondie les pathologies concernées, descendant alors à l’échelle des types de lésions observées et non plus simplement à celle du diagnostic, en séparant notamment les lésions actives des séquelles dans le cas du rachitisme, ou les lésions serpigineuses endocrâniennes du mal de Pott pour ce qui est de la tuberculose. Ces disparités ont pu ensuite être mises en lien avec le niveau de vie des individus, comparé avec les données provenant des sources historiques. Ainsi, par exemple, les individus vivant dans le quartier de Saint-Maclou, connu pour être le plus populaire des trois, présentent une plus faible résistance à la tuberculose et au rachitisme que ceux des deux autres quartiers étudiés.
34Mots-clés – état sanitaire, paléopathologie, paléoépidémiologie, époque moderne, Normandie
35Abstract – This thesis aims to deepen our understanding of the health status of populations living in Rouen during the Early Modern period through a palaeopathological and palaeoepidemiological approach. To this end, a sample of 552 individuals from three skeletal collections originating from different districts of the city was compiled and examined macroscopically in the most exhaustive way possible. Due to the large amount of data generated through this analysis, the first stage of the research involved developing a dedicated database. This tool allowed for the systematic recording of palaeopathological observations and the automated extraction of palaeoepidemiological indicators – in particular, prevalence and frequency rates derived from these records. The construction of this database led to the acquisition of a substantial volume of additional data on the health status of the studied populations. A crucial next step was to determine which of the generated palaeoepidemiological indices were most relevant for reconstructing health profiles and living conditions. This involved a methodological reflection on the selection, interpretation, and significance of different indicators. The selected indices were then grouped into three categories based on the type of information they provide: markers of poverty, markers of longevity, and markers of activity. The comparative analysis of these markers offered valuable insights into the health status of the populations living in Rouen during the Early Modern period – specifically in the districts of Saint-Maclou, Saint-Godard, and Saint-Éloi – and into the social topography of the city. For the poverty markers, for example, it appears that all individuals in Rouen were exposed to similar pathogenic and climatic conditions, with widespread evidence of tuberculosis and various deficiency-related pathologies observed across all three districts. These findings are consistent with patterns documented in other urban populations of the Early Modern period, when tuberculosis was prevalent throughout Europe and the climatic disruptions of the Little Ice Age led to recurring food shortages and famines. Although the overall prevalence of these diseases was comparable between districts, disparities emerged in the populations’ resistance to these conditions. These differences became apparent through a more detailed analysis of the types of lesions present going beyond diagnostic categories to distinguish, for instance, between active and healed lesions in cases of rickets, or between serpiginous endocranial lesions and spinal Pott’s disease in cases of tuberculosis. These variations in resilience were then correlated with the known living conditions of each district’s population, based on historical sources. For example, individuals from the Saint-Maclou district – historically known as the most socioeconomically disadvantaged of the three – showed lower resistance to both tuberculosis and rickets compared to individuals from the other two districts.
36Keywords – health status, paleopathology, paleoepidemiology, Modern age, Normandy
UNIVERSITÉ DE BORDEAUX
Pierre-Hadrien DECAUP
37Covariation entre l’environnement de charge et la distribution de l’os cortical mandibulaire chez les humains modernes
Covariation between loading environment and mandibular cortical bone distribution in modern humans
38Thèse soutenue le 20 janvier 2025 devant le jury composé de :
Directeur·trice·s
Christine COUTURE-VESCHAMBRE, UMR 5199 PACEA, France
Elsa GAROT, UMR 5199 PACEA, France
Rapporteurs
Rémi ECLASSAN, UMR 7268 ADES, France
Jean-Christophe FRICAIN, UMR 1026 BioTis, France
Examinateurs
Asier GÓMEZ-OLIVENCIA, Université du Pays Basque, Espagne
Jean-Jacques HUBLIN, Collège de France, France
39Résumé – En constituant l’élément mobile de l’appareil manducateur, la mandibule humaine joue un rôle clef dans les fonctions de ventilation, déglutition, mastication, préhension et phonation et supporte ainsi des régimes de charges complexes, s’exerçant à des intensités et fréquences variables. Bien que les interactions morphofonctionnelles liant cet environnement de charge et la forme externe de la mandibule humaine soient en partie documentées, l’approche morphofonctionnelle de l’anatomie osseuse mandibulaire interne demeure imprécise. Certains auteurs, tels que Demes et al. (1984) ont postulé que cette relation morphofonctionnelle entre l’environnement de charge et la distribution de l’os cortical mandibulaire pourraient être fondée sur l’existence d’une asymétrie faciolinguale. Dans ce contexte, le présent travail vise à interroger le paradigme "mécaniste" de Demes et al. (1984) à l’aune de nouvelles approches méthodologiques et ainsi répondre à la problématique suivante : "Est-ce que la distribution d’os cortical mandibulaire covarie avec l’environnement de charge chez les humains modernes ?". À travers une revue systématique de la littérature (Decaup et al., 2023), une approche morphométrique comparative au sein de populations du passé (Decaup et al., 2024a) et une modélisation de cette problématique par la méthode des éléments finis (Decaup et al., 2024b, en révision) nous avons montré que la distribution de l’os cortical mandibulaire covarie, sous certaines conditions, avec la distribution des déformations dans le cadre d’un environnement de charge masticatoire unilatéral molaire. Cette covariation produit notamment des effets morphologiques plus marqués dans les groupes humains présentant un niveau de charge mandibulaire élevé. Cette covariation suit enfin un gradient antéropostérieur en faveur d’une relation moins marquée dans les régions antérieures symphysaires et plus marquée dans les régions postérieures du corpus mandibulaire. Le développement d’une approche couplant l’analyse morphométrique comparative et l’analyse par éléments finis en modélisation globale – locale permettrait de mieux interpréter l’impact biomécanique de la diversité biologique de distribution de l’os cortical mandibulaire au sein des populations humaines dans le cadre de recherches futures.
40Mots-clés – biomécanique, os cortical, revue systématique de la littérature, analyse par Eléments Finis, morphométrie géométrique
41Abstract – As the moving element of the manducatory system, the human mandible is central to the functions of ventilation, swallowing, mastication, prehension and phonation, and therefore must withstand complex loads of varying intensity and frequency. Although the morpho-functional interactions between this loading environment and the external human mandibular shape have been partially documented, the morpho-functional approach to internal mandibular bone anatomy remains unclear. Some authors, such as Demes et al. (1984) have postulated that this morpho-functional relationship could be based on a faciolingual asymmetry. In this context, the aim of the present work is to question the ‘mechanistic’ paradigm of Demes et al. (1984) considering new methodological approaches and thus answer the following question: ‘Does the distribution of mandibular cortical bone covary with the loading environment in modern humans?’. Through a systematic review of the literature (Decaup et al., 2023), a comparative morphometric approach within past populations (Decaup et al., 2024a) and modelling of this problem using the finite element method (Decaup et al., 2024b, under review) we found that the distribution of mandibular cortical bone covaries, under certain conditions, with the distribution of strain in unilateral molar masticatory loading conditions. Morphological effects of this covariation are particularly marked in human groups with a high level of mandibular load. Finally, this covariation follows an anteroposterior gradient towards a weaker relationship in the symphyseal anterior regions and a stronger relationship in the posterior regions of the mandibular corpus. The development of an approach combining comparative morphometric analysis and finite element analysis in global-local modelling could provide a better interpretation of the biomechanical impact of the biological diversity of mandibular cortical bone distribution within human populations in future research.
42Keywords – biomechanics, cortical bone, systematic review, Finite Element analysis geometric morphometrics
Juliette HENRION
43Les néandertaliens d’Arcy-sur-Cure (Yonne, France) : variabilités morphologiques, usures dentaires et implications comportementales
Arcy-sur-Cure Neandertals (Yonne, France): morphological variability, dental wear and behavioral insights
44Thèse soutenue le 12 mai 2025 devant le jury composé de :
Directeurs
Bruno MAUREILLE, UMR 5199 PACEA, France
Jean-Jacques HUBLIN, Collège de France, France
Rapportrices
Sireen EL-ZAATARI, Université de Tübingen, Allemagne
Emma POMEROY, Université de Cambridge, Royaume-Uni
Examinatrices
Shara BAILEY, Université de New York, États-Unis
Priscilla BAYLE, UMR 5199 PACEA, France
Sandrine PRAT, UMR 7194 HNHP, France
45Résumé – Les grottes préhistoriques dʼArcy-sur-Cure constituent un ensemble unique de gisements qui alimentent l’étude des populations néandertaliennes du Paléolithique moyen à récent depuis plus de 75 ans. Cinq cavités y ont livré 147 vestiges attribués aux techno-complexes du Moustérien au Châtelperronien. La Grotte du Loup a livré une dent isolée, tandis que la Grotte du Bison, où ont été mis au jour le plus de restes dentaires (n=42/49), présente un minimum de neuf individus de toutes classes âges. Le plus grand nombre de restes humains proviennent de la Grotte du Renne (n=74), soit un minimum de neuf individus, majoritairement jeunes (de in utero à pubescent). La Galerie Schoepflin (n=5), associée à la Grotte du Renne, a livré trois individus a minima. Enfin, la Grotte de lʼHyène (n=18) révèle un minimum de six individus, de la fin de lʼenfance à lʼâge adulte avancé. Lʼanalyse morphologique des dents met en évidence des traits non-métriques fréquemment observés chez les Néandertaliens. Une homogénéité est observée dans la présence de sillons et trous sur les apex coronaires des dents non usées (n=33/48). Des variations inter-individuelles sont également identifiées, notamment par les diamètres coronaires de certains spécimens de la Grotte du Renne et du Bison, se situant au sein de la variabilité pré-néandertalienne. Une grande variabilité racinaire est également exprimée chez les prémolaires, de façon inter- et intra-individuelle. Les analyses morphométriques situent les prémolaires et molaires dans la variabilité néandertalienne, bien que les M1 de la Grotte du Bison, M1 et P4 de la Grotte du Renne et P4 de ces deux cavités se trouvent entre les Néandertaliens anciens et tardifs. Trois spécimens se situent morphométriquement entre la variabilité néandertalienne et celle des humains anatomiquement modernes. Ces résultats suggèrent une certaine diversité morphologique au sein des Néandertaliens les plus récents dʼArcy-sur-Cure. Lʼusure dentaire de plusieurs de ces Néandertaliens révèle une mastication intensive de matériaux durs, avec un pitting occlusal marqué, des fractures dʼémail et une hypercémentose très développée accompagnant la réduction du relief occlusal. La topographie occlusale et les micro-usures buccales indiquent une préférence latérale droite pour les deux arcades de la Grotte de lʼHyène. Lʼusure marquée de lʼos maxillaire de la Grotte de lʼHyène, exprimée sous formes de bassins dʼusures marqués, particulièrement distalement, est cohérente avec la transformation de longue haleine dʼéléments durs, est notamment retrouvée sur la dent isolée dʼun individu plus jeune de la Grotte du Bison. La mandibule de la Grotte de lʼHyène présente également des sillons marqués sur les surfaces buccales des dents post-canines et une incisive fortement atteinte, témoignant dʼusages non masticatoires. Ces observations suggèrent des comportements dentaires similaires entre différentes classes dʼâge et entre les unités moustériennes des grottes du Bison et de lʼHyène.
46Mots-clés – para-/non-masticatoire, surface occlusale, morphologie, dents, Châtelperronien, Moustérien
47Abstract – The prehistoric caves of Arcy-sur-Cure provide a unique archaeological record, contributing to the study of Neanderthal populations from the Middle to Late Paleolithic for over 75 years. Five caves have yielded 147 remains spanning the Mousterian to Châtelperronian techno-complexes. A single tooth is found in the Grotte du Loup, while the Grotte du Bison present the highest number of dental remains (n=42/49), representing a minimum of nine individuals across all age groups. The Grotte du Renne yielded 74 remains from a minimum of nine individuals, mostly juveniles (in utero to pubescent). The Schoepflin Galerie, associated to the Grotte du Renne, contains five remains from at least three individuals. The Grotte de lʼHyène (n=18) yields at least six individuals, ranging from late childhood to old age. The dental collection displays non-metric traits frequently seen in Neandertal. Consistent grooves and pits on the crown apex of unworn teeth (n=33/48) suggest a relatively homogenous sample. Inter-individual variation is also evident, particularly in the crown diameters of the Grotte du Renne and Grotte du Bison specimens, which can align with pre-Neanderthal variability. Premolars exhibit extensive root variability both between and within specimens. Morphometric analyses place the premolars and molars within Neanderthal variability, though the Grotte du Bison M1, the Grotte du Renne M1 and P4, and the P4 are projected between early and late Neanderthals. Three specimens fall morphometrically between Neanderthal and anatomically modern human variability, indicating morphological diversity among late Neanderthals at Arcy-sur-Cure. Dental wear patterns suggest heavy mastication of hard materials, with pronounced occlusal pitting, enamel fractures, and advanced hypercementosis together with strong occlusal relief reduction. The occlusal topography and microwear of the Grotte de lʼHyène specimens indicate a right-side preference in both dental arches. The important occlusal wear of the Grotte de lʼHyène maxilla, characterized by marked wear basins, particularly distally, aligns with prolonged processing of hard materials. This wear pattern is also observed in a younger individual from the Grotte du Bison. The mandible from the Grotte de lʼHyène exhibits pronounced scrapings on the buccal surfaces of postcanine teeth and a central incisor, suggesting non-masticatory use. These findings imply similar dental behaviors across age groups and between the Mousterian units of the Grotte du Bison and Grotte de lʼHyène.
48Keywords – para/non-masticatory, occlusal surface, morphology, teeth, Châtelperronian, Mousterian
Nicolas MARTIN
49Affinités biologiques et processus de peuplement de la Vallée du Nil (Pléistocène final - Holocène moyen)
Biological affinities and settlement processes in the Nile Valley (Late Pleistocene - Middle Holocene)
50Thèse soutenue le 24 novembre 2025 devant le jury composé de :
Directeur·trice·s
Isabelle CREVECOEUR, UMR 5199 PACEA, France
Petr VELEMÍNSKÝ, Narodni Museum de Prague, République Tchèque
Rapporteur·trice·s
Philipp GUNZ, Institut Max Planck d’Anthropologie Evolutive, Allemagne
Louise HUMPHREY, Museum d’Histoire naturelle de Londres, Royaume-Uni
Examinateur·trice·s
Fanny BOCQUENTIN, UMR 8068 TEMPS, France
Thomas COLLARD, UMR 5199 PACEA, France
Marin PILLOUD, Université du Nevada, États-Unis
Rolf QUAM, Université de Binghamton, Royaume-Uni
51Résumé – La fin du Pléistocène et le début de l’Holocène constituent une période charnière dans le nord-est de l’Afrique, marquée par d’importantes fluctuations climatiques et de profondes innovations culturelles. Dans la vallée du Nil, cette époque fut également le théâtre de changements biologiques majeurs, notamment dans la morphologie crânio-faciale et en lien avec l’émergence des premières sociétés de production. Pour expliquer ces transformations, la communauté scientifique a longtemps débattu, opposant l’hypothèse d’une discontinuité biologique à celle d’une adaptation morpho-fonctionnelle. Cette thèse contribue à ces débats en analysant 171 individus issus de quinze ensembles de la moyenne vallée du Nil, couvrant une chronologie allant de la fin du Pléistocène au milieu/fin de l’Holocène, et complétée par des données comparatives portant sur 121 individus provenant du nord-est de l’Afrique, du reste du continent et d’Eurasie. Des techniques d’imagerie 3D à haute résolution et des analyses morphométriques ont été appliquées aux restes dentaires et au labyrinthe osseux, deux structures anatomiques à forte valeur phylogénétique, permettant de tester de manière robuste les affinités biologiques à travers le temps et l’espace. Les résultats mettent en évidence une forte continuité biologique et une homogénéité parmi les chasseurs-pêcheurs-cueilleurs de la fin du Pléistocène et du début de l’Holocène, révélant un enracinement profond dans l’histoire biologique régionale. Nous mettons également en évidence un isolement prolongé de ces dernières populations de chasseurs-cueilleurs de la vallée du Nil. En revanche, la transition néolithique se caractérise par une discontinuité morphologique marquée, suggérant l’arrivée de nouveaux groupes dans la région (présentant des affinités avec le Proche-Orient), bien que des indices de métissage et de persistance de groupes apparentés aux chasseurs-cueilleurs aient été observés dans des zones périphériques de la vallée. L’élargissement de l’analyse à d’autres contextes du nord-est africain révèle une hétérogénéité notable, en particulier dans la Corne de l’Afrique et en Afrique centrale, reflétant les contrastes déjà documentés dans la vallée du Nil. Ces résultats soulignent à la fois la continuité et la complexité de l’histoire biologique régionale et positionnent la vallée du Nil comme un point de référence essentiel pour la reconstitution des dynamiques démographiques de la préhistoire récente en Afrique du nord-est.
52Mots-clés – Vallée du Nil, transition néolithique, histoire populationnelle, morphométrie, Afrique du nord-est
53Abstract – The Late Pleistocene to Mid-Holocene was a pivotal period in northeastern Africa, marked by dramatic climatic fluctuations and profound cultural innovations. In the Nile Valley, this era also witnessed major biological change, particularly in craniofacial anatomy during the emergence of food production. To explain these patterns, scholars have long debated whether they reflect population discontinuity or morpho-functional adaptation. This dissertation addresses these debates by analyzing 171 individuals from fifteen Middle Nile Valley assemblages spanning the Late Pleistocene to the Mid-/Late Holocene, complemented by comparative data on 121 individuals from across northeastern Africa, the wider continent, and Eurasia. High-resolution 3D imaging and morphometric analyses were applied to dental and bony labyrinth structures – two anatomical regions with high phylogenetic value – allowing robust testing of biological affinities across time and space. Results reveal strong biological continuity and homogeneity among Late Pleistocene and Early Holocene hunter-fisher-gatherers, indicating deep regional roots. Evidence was also found for prolonged isolation of the Nile Valley’s last forager populations. In contrast, the Neolithic transition was marked by pronounced morphological discontinuity, consistent with the influx of groups towards the Nile Valley – plausibly of Near Eastern affinities – though evidence of admixture and persistence of forager-related populations appears in peripheral zones. Extending the analysis to northeastern Africa highlights marked heterogeneity, especially in the Horn and Central Africa, echoing the contrasts observed in the Nile Valley. These findings underscore both continuity and complexity in the region’s deep population history and establish the Nile Valley as a key reference point for reconstructing late prehistoric demographic processes across northeastern Africa.
54Keywords – Nile Valley, Neolithic transition, population history, morphometrics, northeastern Africa
Eliza ORELLANA GONZÁLEZ
55La fluorose endémique à l’époque romaine dans l’arc volcanique campanien (Cumes et Pompéi) : un cas d’école pour l’écotoxicologie historique
Endemic fluorosis in the roman era within the campanian volcanic arc (Cumae and Pompeii): a textbook case in historical ecotoxicology
56Thèse soutenue le 13 novembre 2025 devant le jury composé de :
Directeur·trice·s
Dominique Castex, UMR 5199 PACEA, France
Rémy Chapoulie, UMR 5060 IRAMAT-CRP2A, France
Rapporteur·trice·s
Caroline POLET, Institut Royal des Sciences Naturelles de Belgique, Belgique
Nick SCHIAVON, Université d’Evora, Portugal
Examinateurs
Sacha KACKI, UMR 5199 PACEA, France
Nicolas LAUBRY, CRHEC, France
57Résumé – Cette thèse explore l’impact sanitaire de l’exposition chronique au fluor dans l’Antiquité, à travers l’étude des populations de Cumes et de Pompéi, situées dans l’arc volcanique campanien. Si le fluor est essentiel à la minéralisation osseuse et dentaire, une ingestion en excès ou chronique peut provoquer une fluorose osseuse, pathologie se traduisant par une hyperostose, une ostéosclérose et parfois des ossifications des tissus mous. Dans les zones volcaniques, où le fluor est naturellement présent dans les sols et les eaux, cette affection peut devenir endémique. Les contextes funéraires étudiés (IIe siècle av. J.-C.-Ier siècle apr. J.-C.) sont constitués de sépultures secondaires à crémation, pratique dominante dans la Rome républicaine et impériale. Ces restes, altérés par le feu posent d’importants défis diagnostiques : dents absentes ou très fragmentées, os fragmentés limitant les observations de lésion macroscopiques, et transformation chimique de l’os. Malgré ces contraintes, des observations anthropologiques préliminaires ont mis en évidence à Cumes une masse osseuse anormalement élevée, évoquant une pathologie métabolique, tandis qu’un tel signal n’apparaissait pas à Pompéi. La recherche a mobilisé une approche interdisciplinaire alliant paléopathologie, archéométrie et archéologie funéraire. Un protocole d’observations macroscopiques a été établi sur douze zones anatomiques pour relever des lésions compatibles avec la fluorose. En parallèle, la spectroscopie LIBS (Laser-Induced Breakdown Spectroscopy) a été employée afin de détecter le fluor dans les os brûlés, méthode innovante validée par comparaison avec des analyses de référence (PIXE, PIGE). Cette combinaison a permis d’établir la faisabilité de la détection du fluor sur ce type de matériaux et de proposer un seuil indicatif (0,095 u.a. LIBS) pour suspecter la fluorose dans des contextes archéologiques comparables. Les résultats révèlent une différence nette entre les deux sites : à Cumes, une fréquence élevée de lésions osseuses et des teneurs en fluor suggèrent une exposition chronique importante, liée à la proximité de la caldeira des Champs Phlégréens et à un approvisionnement en eau probablement souterrain. À Pompéi, la contamination paraît plus diffuse, en lien avec des systèmes d’approvisionnement distincts (aqueduc, citernes, aquifères du Somma-Vésuve). L’analyse diachronique, conduite sur la période couverte par le corpus étudié, souligne également des variations dans l’intensité de l’exposition au fil du temps. Au-delà du diagnostic paléopathologique, cette étude propose une réflexion plus large dans le champ émergent de l’écotoxicologie historique, qui interroge les effets différés et cumulatifs des polluants environnementaux sur les sociétés du passé. En croisant données bioarchéologiques, archéométriques et historiques, elle apporte un éclairage nouveau sur les facteurs de risque pour la santé des populations antiques et invite à considérer les environnements volcaniques non seulement comme des ressources, mais aussi comme des milieux potentiellement toxiques. Ce travail contribue ainsi à poser les bases méthodologiques et théoriques d’une écotoxicologie historique, attentive aux processus d’exposition chronique, d’incorporation corporelle et d’adaptation physiologique des populations anciennes.
58Mots-clés – Rome antique, fluorose osseuse, sépultures secondaires à crémation, détection du fluor, Cumes, Pompéi
59Abstract – This research explores the health impact of chronic fluoride exposure in Antiquity, through the study of the populations of Cumae and Pompeii, located within the Campanian volcanic arc. While fluoride is essential for bone and dental mineralization, excessive or chronic intake can cause skeletal fluorosis, a condition characterized by hyperostosis, osteosclerosis, and sometimes soft-tissue ossifications. In volcanic areas, where fluoride is naturally present in soils and waters, this condition can become endemic. The funerary contexts examined (2nd century BCE-1st century. CE) consist of secondary cremation burials, a dominant practice in Republican and Imperial Rome. These remains, altered by fire, pose significant diagnostic challenges: absent or highly fragmented teeth, fragmented bones limiting the observation of macroscopic lesions, and chemical transformations of bone. Despite these constraints, preliminary anthropological observations at Cumae revealed unusually high bone mass suggestive of a metabolic disorder, whereas such a signal was not observed at Pompeii. The research employed an interdisciplinary approach combining paleopathology, archaeometry, and funerary archaeology. A protocol for macroscopic observations was established across twelve anatomical zones to record lesions consistent with fluorosis. In parallel, Laser-Induced Breakdown Spectroscopy (LIBS) was applied to detect fluoride in burned bones, an innovative method validated through comparison with reference analyses (PIXE, PIGE). This combination demonstrated the feasibility of fluoride detection in such materials and led to the proposal of an indicative threshold (0.095 a.u. LIBS) for suspecting fluorosis in comparable archaeological contexts. The results reveal a clear difference between the two sites: at Cumae, a high frequency of bone lesions and elevated fluoride levels suggest significant chronic exposure, linked to the proximity of the Phlegraean Fields caldera and a probably subterranean water supply. At Pompeii, contamination appears more diffuse, associated with distinct water systems (aqueduct, cisterns, Somma-Vesuvius aquifers). A diachronic analysis, covering the period represented by the studied corpus, also highlights variations in exposure intensity over time. Beyond paleopathological diagnosis, this study contributes to a broader reflection within the emerging field of historical ecotoxicology, which examines the delayed and cumulative effects of environmental pollutants on past societies. By integrating bioarchaeological, archaeometric, and historical data, it sheds new light on health risk factors among ancient populations and invites us to view volcanic environments not only as resources but also as potentially toxic settings. This work thus helps to lay the methodological and theoretical foundations of historical ecotoxicology, attentive to processes of chronic exposure, bodily incorporation, and physiological adaptation in ancient populations.
60Keywords – ancient Rome, skeletal fluorosis, cremation burials, fluoride detection, Cumae, Pompeii
UNIVERSITÉ DE TOULOUSE
Arthur GICQUEAU
61Taphonomie et biologie des Néandertaliens de Chagyrskaya (Altaï, Russie)
Taphonomy and biology of the Neanderthals of Chagyrskaya (Altai, Russia)
62Thèse soutenue le 01 septembre 2025 devant le jury composé de :
Directrices
Sandrine COSTAMAGNO, UMR 5608 TRACES, France
Kseniya KOLOBOVA, Université de Nobosivirsk, Russie
Rapporteur·trice·s
Isabelle CREVECOEUR, UMR 5199 PACEA, France
Sébastien VILLOTTE, UMR 7206 Eco-Anthropologie, France
Examinateur·trice·s
Bruno MAUREILLE, UMR 5199 PACEA, France
Bence VIOLA, Université de Toronto, nada
Nohemi SALA, CENIEH, Espagne
Aurore VAL, UMR 7269 LAMPEA, France
63Résumé – Il y a plus de 50 000 ans, des représentants de la lignée néandertalienne ont atteint l’extrémité orientale de la steppe euro-sibérienne, dans les contreforts montagneux de l’Altaï. L’éloignement géographique de ces Néandertaliens "orientaux" par rapport aux principales aires culturelles attribuées à ce taxon soulève des questions sur leur variabilité phénotypique : est-elle identique à celle des groupes ouest-eurasiatiques ou reflète-t-elle des traits morphologiques "régionaux" ? Une autre interrogation majeure concerne l’origine de l’accumulation de ces restes humains dans les cavités de l’Altaï. En effet, ces dernières ont également été fréquentées, durant le Pléistocène supérieur, par des grands carnivores susceptibles d’avoir contribué à la formation de ces assemblages. Naturellement, l’Homme constitue un autre agent potentiellement responsable de l’accumulation des fossiles humains dans ces sites. La grotte de Chagyrskaya recèle le corpus paléoanthropologique le plus riche de Sibérie et d’Asie centrale pour le Paléolithique moyen. Pour la première fois, cette collection a été analysée de manière synthétique afin de caractériser la variabilité phénotypique des individus identifiés et documenter certains aspects de leur comportement, notamment ceux liés à la gestion des défunts. Nos résultats ont révélé que la morphologie et les dimensions de leurs restes cranio-dentaires s’inscrivent bien dans la variation phénotypique néandertalienne, avec toutefois quelques spécificités. L’analyse des atteintes ante mortem sur les tissus dentaires nous a fourni un aperçu de leur état sanitaire bucco-dentaire et de certains comportements liés à l’utilisation de leur dentition au cours d’activités para-masticatoires. Les éléments infra-crâniens s’inscrivent globalement bien dans la variation morphométrique néandertalienne. Néanmoins, certains spécimens adultes présentent des traits dont l’expression ou le degré de développement les distinguent de cette dernière. La bonne préservation du matériel infra-crânien suggère un enfouissement rapide et une faible influence des carnivores dans la constitution de l’assemblage. L’étude des surfaces osseuses a également révélé, sur neuf pièces, des modifications linéaires dont les caractéristiques macroscopiques coïncident avec celles de traces de découpe causées par un tranchant lithique. D’après leur disposition, elles résulteraient de gestes visant à désarticuler et décharner le corps, ou des portions de corps, d’au moins un adulte. L’analyse microscopique et morphométrique des profils transverses des modifications linéaires décrites comme étant des traces de découpe soutient cette interprétation. À cela s’ajoute des traces de dents correspondant potentiellement à des marques de manducation humaine, indiquant qu’il pourrait s’agir de restes humains cannibalisés. Nous avons estimé un nombre minimum de huit individus d’âges variés, dont tout ou partie des corps ont été accumulés dans la cavité. L’analyse de la mortalité de cette population a révélé une anomalie démographique pouvant traduire une crise de mortalité non naturelle. L’étude quantitative de la collection indique que les restes humains ont été traités différemment des vestiges d’ongulés découverts dans les mêmes unités stratigraphiques. Quant à leur répartition spatiale, elle est globalement aléatoire et indique qu’il est probable qu’au moins certains segments entiers de corps ont été accumulés dans le site. Les questions soulevées par la présence de modifications d’origine anthropique sur plusieurs restes humains nous ont amenés à proposer une nouvelle terminologie pour discuter des différents contextes dans lesquels ces types de traces peuvent être produites. Cela nous a aidé à identifier les scénarios les plus probables permettant d’expliquer l’accumulation de ces fossiles néandertaliens dans la cavité de Chagyrskaya.
64Mots-clés – lignée néandertalienne, Sibérie, gestes mortuaires, variabilité morphométrique
65Abstract – Over 50,000 years ago, representatives of the Neanderthal lineage reached the easternmost edge of the Euro-Siberian steppe, in the mountainous foothills of the Altai. The geographic isolation of these "eastern" Neanderthals from the main cultural areas typically associated with this taxon raises questions about their phenotypic variability: is it consistent with that of western Eurasian groups, or does it reflect distinctive "regional" morphological traits? Another major issue concerns the origin of the accumulation of human remains in the Altai caves. These sites were also frequented during the Late Pleistocene by large carnivores, which may have contributed to the formation of these assemblages. Naturally, humans themselves constitute another potential agent responsible for the accumulation of hominin fossils at these sites. Chagyrskaya Cave holds the richest Middle Paleolithic paleoanthropological assemblage of Siberia and Central Asia. For the first time, this collection has been analyzed in a comprehensive manner to characterize the phenotypic variability of the identified individuals and to document certain behavioral aspects, particularly those related to mortuary practices. Our results show that the morphology and dimensions of the cranial and dental remains fall within known Neanderthal phenotypic variation, albeit with some specific features. The analysis of ante mortem alterations to dental tissues provided insights into the individuals’ oral health as well as behaviors involving non-masticatory use of the dentition. The postcranial elements also largely conform to Neanderthal morphometric variation. However, certain adult specimens exhibit traits whose expression or degree of development deviate from the typical pattern. The good preservation of the postcranial material suggests rapid burial and minimal involvement of carnivores in the formation of the assemblage. Surface analysis of the bones revealed, on nine specimens, linear modifications whose macroscopic characteristics are consistent with cut marks made by a stone tool. Based on their distribution, these marks likely resulted from actions aimed at disarticulating and defleshing the body, or parts of the body, of at least one adult individual. Microscopic and morphometric analyses of the cross-sectional profiles of these linear modifications support their identification as cut marks. In addition, tooth marks consistent with human chewing were observed, suggesting that some of the remains may have been cannibalized. A minimum of eight individuals of varying ages were identified, whose bodies – either complete or partial – were deposited in the cave. Mortality profile analysis revealed a demographic anomaly suggestive of a non-natural mortality event. Quantitative study of the collection indicates that the human remains were treated differently from the ungulate remains found in the same stratigraphic units. Finally, their spatial distribution appears broadly random and indicate that at least some entire body segments were deposited within the site. The questions raised by the presence of anthropogenic modifications on several human remains led us to propose a new terminology to discuss the different contexts in which these types of marks may be produced. This helped us identify the most probable scenarios to explain the accumulation of these Neanderthal fossils in the Chagyrskaya Cave.
66Keywords – Neanderthal lineage, Siberia, mortuary gestures, morphometric variability
Pour citer cet article
Référence électronique
« Liste des thèses et des habilitations à diriger des recherches (HDR) en anthropologie soutenues en 2025 », Bulletins et mémoires de la Société d’Anthropologie de Paris [En ligne], 38 (1) | 2026, mis en ligne le 26 avril 2026, consulté le 16 mai 2026. URL : http://journals.openedition.org/bmsap/18030 ; DOI : https://doi.org/10.4000/1650o
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