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AdFiT v1.7 (Admixture Files Tool): input files creating tool for population genetic admixture estimation software

AdFiT v1.7 (Admixture Files Tool) : outil de création des fichiers d’entrée pour les logiciels d’estimation du mélange génétique entre populations
Géraud Gourjon et Anna Degioanni
p. 223-229

Résumés

Les logiciels d’estimation du mélange génétique entre populations les plus utilisés dans la littérature scientifique au cours de ces vingt dernières années sont : ADMIX, ADMIX95, Mistura, Admix 2.0, LEA et LEADMIX. Chacun de ces logiciels nécessite un fichier d’entrée avec un format et une extension spécifiques. Nous présentons ici un outil d’aide dans le processus de création des fichiers d’entrée : AdFiT (Admixture Files Tool), version 1.7, un logiciel multilingue (anglais, français et espagnol). à partir d’un fichier commun de données, il permet de créer instantanément les fichiers d’entrée pour ces 6 logiciels, ainsi que pour deux autres, Parallel LEA (ParLEA) et Mixtur. L’utilisation de plusieurs logiciels et de tous les marqueurs génétiques disponibles est nécessaire pour estimer efficacement les taux de mélange. Cela exige la création de fichiers d’entrée multiples, avec le format propre à chaque logiciel et conduit à une grande manipulation de données, augmentant les risques d’erreurs de saisie. AdFit permet de faire tout cela rapidement, facilement et sans erreur. AdFiT est disponible gratuitement en ligne pour une utilisation non commerciale.

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Pour citer cet article

Référence papier

Géraud Gourjon et Anna Degioanni, « AdFiT v1.7 (Admixture Files Tool): input files creating tool for population genetic admixture estimation software »Bulletins et mémoires de la Société d’Anthropologie de Paris, 21 (3-4) | 2009, 223-229.

Référence électronique

Géraud Gourjon et Anna Degioanni, « AdFiT v1.7 (Admixture Files Tool): input files creating tool for population genetic admixture estimation software »Bulletins et mémoires de la Société d’Anthropologie de Paris [En ligne], 21 (3-4) | 2009, mis en ligne le 09 juin 2010, consulté le 27 septembre 2021. URL : http://journals.openedition.org/bmsap/6586 ; DOI : https://doi.org/10.4000/bmsap.6586

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Auteurs

Géraud Gourjon

UMR 6578, Unité d’Anthropologie Bioculturelle, Université Aix-Marseille 2, 13916 Marseille CEDEX, France,e-mail: geraud.gourjon@etumel.univmed.fr

Anna Degioanni

UMR 6578, Unité d’Anthropologie Bioculturelle, Université Aix-Marseille 2, 13916 Marseille CEDEX, France

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