1Le dépistage prénatal non invasif est aujourd’hui possible grâce à la découverte de l’ADN « fœtal » libre circulant dans le sang maternel, en 1997 par Dennis Y. Lo (Lo et al., 1997) Cette publication majeure signait le début de l’aventure. L’excitation était alors grande avec de nombreuses premières publications qui tentaient de caractériser cet ADN, de le quantifier, d’évaluer sa cinétique, etc., avec un premier obstacle majeur qui s’est révélé difficilement surmontable, voire insurmontable à ce jour, et qui réside dans le fait que cet ADN dit fœtal est mélangé à de l’ADN maternel circulant dans le sang, et ce en bien plus grande quantité (Lo et al., 1998 ; Dhallan et al., 2004 ; Lun et al., 2008).
2Les premières applications « simples » qui ont vu le jour ont été la détection de séquences d’ADN d’origine paternelle telles que les séquences du chromosome Y pour le diagnostic non invasif du sexe fœtal. S’en sont suivies d’autres applications, toujours à des pathologies où les séquences à étudier proviennent du père ou surviennent de novo et sont donc absentes chez la mère (Finning et al., 2002 ; Hyett et al., 2005 ; Chitty et al., 2015).
3Pour les anomalies chromosomiques (DPNI chromosomique), et en particulier la trisomie 21 qui faisait l’objet d’un dépistage organisé par d’autres méthodes, les développements ont été plus longs que pour les applications citées ci-dessus. À la différence des séquences d’ADN issues du chromosome Y, celles issues du chromosome 21 ou tout autre chromosome sont présentes à la fois chez la mère et chez le fœtus et donc chacun d’eux contribue aux séquences d’ADN circulant provenant du chromosome en question. Le défi majeur était d’arriver à avoir une méthode de « dosage chromosomique » qui permette non pas de dire si les séquences sont présentes ou absentes, mais de déceler une éventuelle sur-représentation de ces séquences en cas de trisomie. Pour y parvenir, des méthodes de calcul statistique étaient applicables mais il fallait disposer d’une certaine quantité d’informations provenant du plasma que l’on souhaitait tester. Plus précisément, il fallait des méthodes de quantification puissantes permettant le comptage d’un très grand nombre de molécules d’ADN circulant. Le développement, dans les années 2000, des méthodes de séquençage à haut débit a ouvert cette perspective.
- 1 Ceci en considérant le schéma de dépistage conventionnel le plus performant, à savoir celui avec (...)
- 2 Un profil combinant des valeurs basses des deux marqueurs sériques peut suggérer la présence d’un (...)
4Après quelques études de preuve de concept montrant des résultats très prometteurs (Chiu et al., 2010 ; Chen et al., 2011 ; Liang et al., 2013), les premières études cliniques dans des populations à haut risque de trisomie 21 (définies essentiellement mais pas exclusivement par des résultats de dépistage conventionnel par des marqueurs sériques maternels au-dessus d’un certain seuil) ont confirmé les excellentes performances (Chiu et al., 2011 ; Ehrich et al., 2011 ; Palomaki et al., 2011 ; Ashoor et al., 2012 ; Bianchi et al., 2012 ; Norton et al., 2012 ; Sparks et al., 2012 ; El Khattabi et al., 2019), bien supérieures à celles du dépistage conventionnel de la trisomie 21 basé d’une part sur le dosage des marqueurs sériques du premier ou du deuxième trimestre, et d’autre part sur la mesure de la nuque au premier trimestre. La multiplication des études cliniques à travers le monde a permis d’élargir les cohortes de femmes enceintes et de calculer avec plus de précision les performances du dépistage de la trisomie 21 et surtout celles des trisomies 13 et 18 qui sont communes mais tout de même moins fréquentes que la 21. La dernière méta-analyse de ces études fait état d’une sensibilité de 99,7 % pour la trisomie 21, 97,9 % pour la trisomie 18, et de 99 % pour la trisomie 13 dans les grossesses singleton, et un taux de faux positifs de 0,04 % pour les trois trisomies (Gil et al., 2017). Ces résultats sont à mettre en regard avec ceux des marqueurs sériques qui ont une sensibilité de 92-94 % et un taux de faux positifs de 3-5 % pour la trisomie 211 (Kagan et al., 2008), et une performance moindre pour les deux autres trisomies communes2. Par la suite, les études se sont élargies à d’autres populations, en particulier à la population générale des grossesses singleton quel que soit le risque de trisomie 21 estimé par les marqueurs sériques, et des grossesses gémellaires. Dans les deux cas, une diminution légère des performances est rapportée, ce qui était attendu puisque, mathématiquement, plus l’incidence d’une affection donnée est faible dans la population étudiée, plus les performances calculées baissent. Elles restent, cependant, là encore supérieures à celles du dépistage conventionnel dans ces populations.
5Pendant les premières années où le test DPNI commençait à être développé, en particulier à l’étranger, il était considéré comme un test de diagnostic prénatal non invasif de la trisomie 21. Dans certaines situations, des interruptions médicales de grossesses ont même été proposées sur la base du seul résultat du DPNI. La communauté médicale est rapidement revenue sur cette définition pour alerter sur le fait qu’il pouvait y avoir des résultats faussement positifs. Ceci était d’autant plus vraisemblable que l’origine tissulaire de l’ADN circulant dit « fœtal » venait d’être identifiée grâce à des situations de mosaïcisme fœto-placentaire ayant révélé que cet ADN provient du cytotrophoblaste (Flori et al., 2004 ; Alberry et al., 2007 ; Faas et al., 2012). Le cytotrophoblaste est une structure du placenta qui d’un point de vue développemental est assez éloignée du fœtus lui-même. Or des anomalies chromosomiques qui surviendraient après la fécondation au début du développement embryonnaire, et non dans les ovocytes ou spermatozoïdes, peuvent être présentes dans certains tissus et pas d’autres. Il est alors possible qu’une anomalie chromosomique soit présente dans le cytotrophoblaste et non chez le fœtus. La situation inverse est également vraie, mais fort heureusement elle est moins fréquente (Hahnemann and Vejerslev, 1997). Ces situations définissent le mosaïcisme foeto-placentaire.
6Il y a eu ainsi un changement de terminologie dans les articles publiés dans les revues scientifiques et médicales mais aussi dans les communications présentées à des congrès médicaux. Le terme « diagnostic » a laissé place au concept de « dépistage » (dépistage prénatal non invasif ; non invasive « testing » ou « screening » en anglais). Un test de dépistage permet de sélectionner les individus à fort risque de porter une maladie. S’il se révèle positif ou à risque élevé, il conduit à offrir au patient un test de diagnostic de nature à confirmer ou pas le résultat.
- 3 Ce seuil est défini par le fabriquant dans le cas du test DPNI et n’est ni accessible ni modifiab (...)
7Un test de dépistage est donc par définition un test imparfait qui peut donner des résultats faussement positifs ou faussement négatifs. Il est dès lors indispensable de vérifier un résultat positif par un test de confirmation qui, lui, est un test de « diagnostic ». Quel est l’intérêt de passer par une étape de dépistage si le test le plus fiable est le test de diagnostic ? Ce schéma est privilégié lorsque l’on s’intéresse à une maladie dont l’incidence reste faible dans la population et que le test de diagnostic est soit onéreux, soit invasif et donc comportant un risque, voire les deux comme c’est le cas du diagnostic prénatal. En effet, ce dernier est réalisé à partir d’un prélèvement invasif de matériel fœtal, avec un risque de fausse couche induite certes faible (moins de 0,5 % dans les grossesses singleton (Akolekar et al., 2015), mais tout de même peu acceptable lorsqu’un test de dépistage performant et non invasif est par ailleurs disponible. Dans un test de dépistage, il est important de définir un seuil de positivité qui permette un subtil équilibre entre le risque de faux positifs et celui de faux négatifs. En général, plus le seuil sera bas pour minimiser le taux de faux négatifs, plus le taux de faux positifs sera élevé, et donc le recours au test de confirmation invasif inutile pour un nombre croissant d’individus, ce qui enlèverait tout l’intérêt du dépistage. Il faut donc viser un seuil de positivité qui offre le taux de faux négatifs le plus bas pour un taux de faux positifs qui reste raisonnable3.
8Dans le cas du DPNI, un résultat positif doit être confirmé par un caryotype sur prélèvement fœtal invasif. Il est recommandé de réaliser un prélèvement de liquide amniotique plutôt qu’une biopsie de trophoblaste qui, comme le DPNI, analyse du tissu placentaire dont le caryotype peut différer de celui de l’embryon (recommandations ACLF, http://www.eaclf.org/docs/recommandation-ACLF_DPNI-V2.pdf, 2015).
Néanmoins, la ponction de liquide amniotique peut parfois générer un délai d’attente source d’angoisse car elle n’est réalisable qu’à partir d’environ 15 semaines d’aménorrhée (correspondant à 13 semaines de grossesses) alors que la biopsie de trophoblaste peut l’être dès 11-12 semaines d’aménorrhée. Cette recommandation générale peut, alors, être discutée au cas par cas en tenant compte du type d’anomalies détectées (le risque de mosaïcisme foeto-placentaire est variable d’une anomalie à l’autre) et de l’apparition éventuelle de signes d’appel échographiques.
9L’ADN libre circulant est un mélange d’ADN provenant de cellules maternelles et d’ADN issu de cellules placentaires qui circulent dans la fraction liquide du sang maternel (le plasma). Lors d’un DPNI, la totalité de l’ADN libre circulant est extraite et ensuite analysée, les deux fractions fœtale et maternelle étant inséparables, sauf par des méthodes fastidieuses non automatisées et ne permettant pas une séparation parfaite (Li et al., 2004 ; Hahn, Drese and O’Sullivan, 2009).
10Par ailleurs, les premières études s’intéressant à la biologie de l’ADN circulant placentaire ont montré que l’ensemble du génome fœtal est représenté dans cet ADN libre circulant (Lo et al., 2010). Cette notion est essentielle puisqu’elle implique la possibilité théorique d’explorer toutes les régions connues du génome (certaines régions du génome humain restent inconnues encore aujourd’hui). En théorie, il est donc possible d’interroger la quasi-totalité du génome, mais en pratique ceci est rendu compliqué par des limites techniques ou biologiques.
- 4 Du moins jusqu’au début de l’année 2022 où un remodelage du paysage s’est opéré suite à une pénur (...)
- 5 Une autre approche basée sur le génotypage existe, mais son utilisation est moins répandue.
11Pour bien comprendre ces limites, il faut revenir au principe même du DPNI chromosomique. La très grande majorité des tests DPNI réalisés aujourd’hui dans le monde et plus de 95 % de ceux qui sont réalisés en France4 reposent sur un séquençage de la quasi-totalité du génome et une analyse statistique basée sur le principe du comptage moléculaire. Ce dernier consiste à compter le nombre de fragments d’ADN qui proviennent de chaque chromosome et de chaque région chromosomique au sein d’un même chromosome. Une fois ce comptage réalisé, le nombre de séquences provenant d’un chromosome d’intérêt (par exemple le chromosome 21) ou d’une région d’intérêt (par exemple une région du chromosome 9) est rapporté, respectivement, au nombre de séquences provenant d’un ou plusieurs chromosome(s) de référence ou à d’autres régions du génome qui servent pareillement d’étalon. Le rapport entre chromosome ou région d’intérêt et chromosomes ou régions de référence dans l’échantillon à tester est ensuite comparé à la moyenne du même rapport dans une population de référence où les fœtus ne sont pas porteurs d’anomalies chromosomiques5. La distance entre le rapport calculé à partir de l’échantillon à tester et celui de la population de référence est mesurée par un calcul statistique qui permet de conclure soit à un éloignement significatif par rapport à la population de référence et donc à la présence très probable d’une anomalie chromosomique, soit à un éloignement non significatif, et donc à l’absence très probable d’une anomalie chromosomique (El Khattabi et al., 2019). Toutes ces étapes sont réalisées par un logiciel d’analyse dédié. Les résultats de ces analyses statistiques vont dépendre d’un certain nombre de paramètres qui ne sont pas toujours maîtrisables. L’un de ces paramètres est la quantité d’informations obtenue par séquençage d’un échantillon donné : elle n’est en effet pas constante et le nombre total de molécules d’ADN peut varier pour un même échantillon séquencé à deux reprises. Un deuxième élément impactant ces résultats est la proportion d’ADN fœtal circulant qui varie au cours de la grossesse et entre différentes patientes. Enfin, la taille de la région du génome qui présenterait une anomalie impacte également ces calculs. Plus la région chromosomique d’intérêt sera petite, plus ces aléas vont avoir un impact fort sur les performances du test.
- 6 En deçà de 5 millions de paires de base ; pour comparaison, le chromosome 21 contient environ 45 (...)
12Par conséquent, ces limites techniques influenceront surtout la détection d’anomalies sub-chromosomiques, particulièrement les plus petites d’entre elles6, ainsi que celle des anomalies présentes « en mosaïque », c’est-à-dire lorsque le fœtus et/ou le placenta contiennent à la fois des cellules normales et des cellules anormales (cf. ci-dessous).
13Les limites biologiques sont, quant à elles, liées à l’origine placentaire de l’ADN « fœtal » circulant dans le sang maternel, mais aussi au fait que différents tissus maternels relarguent aussi de l’ADN dans le sang de la mère (Wong et al., 2016). Dans la mesure où le test de DPNI est basé sur une analyse de la totalité de l’ADN libre circulant, quelle que soit son origine, toute anomalie détectée peut provenir de ces différentes sources, même si la source fœtale/placentaire est la plus pourvoyeuse d’anomalies en termes de fréquence. L’origine placentaire de la fraction fœtale de l’ADNlc et la possibilité d’un mosaïcisme placentaire peuvent également « piéger » le prescripteur et la patiente en engendrant un DPNI positif qui ne se confirme pas à l’analyse du prélèvement invasif fœtal (cf. section suivante sur le sens d’un DPNI positif).
14Par ailleurs, en cas de DPNI positif dans un contexte de grossesse gémellaire, il n’est pas possible de savoir quel jumeau est atteint, ni même si un seul ou les deux sont atteints, puisque l’ADN provenant d’un ou de deux placenta(s) se retrouve mélangé dans le plasma et dans l’analyse qui en est faite lors du DPNI. Certains tests DPNI sont basés sur un génotypage de l’ADNlc, ce qui permet de distinguer les séquences d’ADN de sources différentes lorsqu’il s’agit de faux jumeaux. Néanmoins, ils ne représentent qu’une minorité de tests réalisés et, d’autre part, même s’ils permettent, en cas de faux jumeaux, de dire si un seul ou les deux fœtus est/sont atteint(s), ils ne permettent pas de savoir lequel, ce qui implique la nécessité de prélever les deux pour le diagnostic. En outre, lorsqu’il y a deux placentas, existe toujours le risque qu’un des deux placentas relargue beaucoup moins d’ADN que l’autre et que, sans qu’on puisse s’en rendre compte, l’ADNlc extrait ne contienne pas assez d’ADN d’un des jumeaux. Ce cas de figure est théoriquement possible, ce qui pourrait être source de faux négatif, mais, à ce jour, il n’y a eu aucun cas rapporté dans la littérature.
15Enfin, la fraction fœtale ou la proportion d’ADN placentaire par rapport à l’ADN d’origine maternelle est une autre limite biologique majeure car elle peut être source d’échecs du test, voire de faux négatif si elle n’est pas correctement mesurée (Canick et al., 2013 ; Hui and Bianchi, 2020). Les performances du test y sont étroitement liées ; plus la fraction fœtale est élevée, plus les performances seront élevées (Canick et al., 2013).
16Qu’elles soient techniques ou biologiques, les limites que présente le DPNI peuvent donc être à l’origine de faux résultats, on y reviendra.
17Le paramètre de performance qui permet de répondre de façon chiffrée à la question « que signifie un DPNI positif ? » est la valeur prédictive positive (VPP) du test. Elle correspond au pourcentage de DPNI positifs qui seront ultérieurement confirmés par un test de diagnostic. Ce paramètre est celui qui importe le plus pour une patiente à qui est annoncé un résultat positif puisqu’il lui donne une idée de la probabilité que l’anomalie chromosomique dépistée soit bien présente chez son fœtus.
- 7 Intervalles de confiance à 95 % : pour la T21 : [85,3-96,3 %] dans les grossesses singleton et [2 (...)
- 8 Surtout que les marqueurs sériques à risque sur-représentent essentiellement la trisomie 21 et no (...)
18La VPP est donc un paramètre majeur qui permet à la fois d’évaluer la fiabilité du test et d’informer le plus clairement possible la patiente dont le résultat est positif. Elle dépend certes des performances techniques du test, mais aussi du type d’anomalie chromosomique à laquelle on s’intéresse et de son incidence dans la population dépistée. Ainsi, pour la T21 elle est estimée à 92,5 % dans les grossesses singleton à risque modéré à haut (bénéficiant du test en France) et à 60 % dans les grossesses gémellaires en dépistage primaire (population générale de gémellaires), alors que pour les T18 et T13 elle est de 72,2 % et 62,5 %7, respectivement, dans les grossesses singleton (les données sont encore insuffisantes pour les T13 et T18 dans les grossesses gémellaires). Cela signifie que, lorsqu’un DPNI est positif pour la T21, le fœtus est bien atteint dans 9 cas sur 10, alors que pour les T18 et T13 il ne le sera que dans deux cas sur trois voire un cas sur deux à peu près. Pour ces deux dernières trisomies, cette baisse de la VPP par rapport à celle de la T21 peut en effet s’expliquer par deux facteurs : d’abord, leur incidence est plus faible dans la population par rapport à la trisomie 218 ; ensuite, elles présentent une fréquence de mosaïques confinées au placenta plus élevée que dans le cas de la T21 (Grati, 2014 ; Grati et al., 2017), ce qui augmente le taux de faux positifs.
19Dans le cas particulier des grossesses gémellaires avec jumeau évanescent, un DPNI positif peut ne pas être confirmé plus fréquemment que dans les autres grossesses. Cela est dû au fait que l’une des causes majeures d’arrêt du développement des jumeaux évanescents est la présence d’une anomalie chromosomique, en particulier une trisomie. Or l’arrêt de développement de ce jumeau n’empêche pas son placenta, potentiellement porteur d’une anomalie chromosomique, de continuer à libérer de l’ADN libre circulant pendant de nombreuses semaines (Niles, Murji and Chitayat, 2018 ; Bevilacqua et al., 2020 ; Chen et al., 2021). Ceci s’étend aux situations de DPNI positif dans un contexte de réduction embryonnaire (intervention médicale pour réduire le nombre d’embryons viables en cas de grossesse multiple avec risque de complications materno-fœtales) ou encore d’interruption sélective de grossesse (interruption d’un des embryons pour indication médicale).
20Enfin, l’analyse de l’ADN libre circulant englobe irrémédiablement celle de l’ADN maternel, sans pour autant pouvoir les séparer. Par conséquent, certaines anomalies chromosomiques maternelles peuvent être détectées, qu’elles soient constitutionnelles (c’est-à-dire présentes dès le développement embryonnaire de la mère elle-même), ou acquises au cours de la vie (c’est le cas d’anomalies tumorales). Ce risque reste néanmoins très limité pour l’une et l’autre de ces deux catégories. D’une part, les anomalies chromosomiques dépistées par DPNI ne constituent quasi jamais des anomalies constitutionnelles présentes chez des individus sains, même si de façon anecdotique il existe des situations de trisomie en mosaïque très faible (c’est-à-dire présente seulement dans un faible pourcentage de cellules) chez des personnes bien portantes. D’autre part, les autres anomalies sub-chromosomiques sont pour la très large majorité des cas (la totalité de ce qui est détecté en France aujourd’hui) responsables de troubles majeurs du développement (malformations, déficience intellectuelle, etc.). Leur présence chez la mère serait donc documentée avant la grossesse ou pourrait même être incompatible avec une grossesse. Enfin, concernant les anomalies acquises, même s’il s’agit de situations très rares, cette question est de grande importance puisqu’elle met en exergue le dilemme entre le respect du contexte de réalisation du test – notamment le consentement qui y est associé et l’information qui en est donnée au moment de sa prescription – et l’éventuel intérêt pour la patiente d’être informée et de pouvoir bénéficier éventuellement d’un traitement (cf. ci-dessous).
21Lorsque l’on parle de résultat négatif du DPNI, le paramètre qui importe pour apprécier la performance du test est la valeur prédictive négative (VPN). La VPN correspond à la probabilité qu’un DPNI négatif soit bel et bien négatif si on le confirmait par un test invasif – ce qui n’est pas fait dans la réalité, ou bien il faudrait réaliser des prélèvements invasifs à toutes les femmes enceintes dépistées ! Cette valeur prédictive négative est calculée, dans la très grande majorité des cas, en prenant en compte les données cliniques du nouveau-né à la naissance, et en particulier l’absence de malformations ou de dysmorphie faciale. Ceci est très fiable pour les trisomies, en particulier lorsqu’elles ne sont pas en mosaïque (dites homogènes). En revanche, certaines autres anomalies sub-chromosomiques peuvent passer inaperçues à la naissance.
- 9 Intervalle de confiance à 95 % : [99,9-100 %] pour les trisomies 21, 18 et 13 dans les grossesses (...)
22La VPN du DPNI est excellente ; elle est estimée à 100 % pour les trisomies 21, 18 et 13 dans les grossesses singleton avec un risque modéré à haut (bénéficiant du test en France), et à 100 % pour la trisomie 21 dans les grossesses gémellaires en dépistage primaire (population générale de gémellaires)9. Néanmoins, un DPNI négatif signifie qu’il n’y a pas d’anomalies chromosomiques dans le placenta et dans le cadre des limites techniques du DPNI. Ainsi, des faux négatifs de DPNI existent pour certaines anomalies chromosomiques indétectables : triploïdies (présence de trisomie de tous les chromosomes à la fois), discordance fœto-placentaire avec la présence d’une trisomie uniquement chez le fœtus, et non dans le placenta ou encore une mosaïque placentaire faible où les cellules du placenta sont majoritairement normales mais où une population minoritaire de cellules porte une anomalie chromosomique. En raison de toutes ces possibilités, même si elles restent rares, une grossesse avec un DPNI négatif continuera à être suivie normalement avec des échographies visant à vérifier l’absence d’apparition d’anomalies fœtales liées à une anomalie chromosomique qui aurait pu échapper au DPNI, ou à d’autres causes génétiques et non génétiques hors portée du DPNI. Le cas échéant, en cas de suspicion à l’échographie, un prélèvement invasif sera réalisé en vue d’un caryotype fœtal, voire d’autres analyses génétiques ou non selon l’anomalie.
- 10 Si le résultat du test se révèle positif, il sera alors utile de prévoir une consultation avec un (...)
23S’il faut en passer par ces développements très techniques, c’est pour montrer qu’en définitive, lorsque l’on s’intéresse aux différentes configurations qui peuvent être associées à un résultat de DPNI positif ou négatif, on mesure la difficulté de son interprétation, la complexité du procédé qui est mobilisé, la marge irréductible d’incertitude qui demeure et la nécessité de poursuivre un suivi vigilant. Certes, les situations complexes que l’on a présentées restent des événements rares à l’échelle de la population dépistée – de sorte, par exemple, qu’il n’est pas nécessaire de « noyer » la patiente avec toutes ces informations lors de la première consultation10. Mais, s’il semble simple de prime abord, le DPNI met en réalité en jeu des questions fort complexes que les patientes perçoivent, en général, seulement lorsqu’un résultat positif leur est annoncé. Du côté des professionnels de santé, la gymnastique d’esprit autour de ces questions n’est pas évidente pour tout le monde non plus, d’où l’intérêt de poursuivre la communication, que ce soit dans des congrès spécialisés ou à travers des formations continues.
24Rien d’étonnant dans ce contexte à ce que l’établissement de recommandations au sein des sociétés savantes constitue une gageure. Il faut arriver à un texte consensuel en partant d’avis parfois très divergents et d’arguments en demi-teinte. Dans certaines situations, il existe des arguments pour et contre qui se valent autant les uns que les autres, mais il faut quand même trancher (c’est le cas des anomalies autres que les trisomies communes 13, 18 et 21 ; faut-il signaler leur détection pour une prise en charge adéquate ou, au contraire, la taire pour éviter des angoisses et des gestes invasifs parfois inutiles ?). Dans d’autres cas, il n’y a pas d’évidence scientifique ou médicale pour recommander le DPNI, mais il n’y a pas de meilleure alternative non plus (c’est le cas par exemple du DPNI pour les grossesses multiples à partir de trois jumeaux ; faut-il recommander le DPNI sur la base de ses bonnes performances dans d’autres populations et en l’absence d’un meilleur test, ou bien faut-il attendre la publication de larges cohortes qui risque de prendre plusieurs années voire ne jamais voir le jour ?). Enfin, même si les discussions ne sont généralement pas influencées par un quelconque conflit d’intérêts de type « économique », il n’est pas rare de constater une subjectivité probablement inconsciente sur fond de motivations personnelles (conviction forgée par une expérience passée mais qui ne reflète pas une réalité dans la pratique courante, intérêt corporatif, besoin de faire adopter son propre mode de fonctionnement par les autres, etc.). Dans tous les cas, si l’intention première est toujours de faire au mieux dans l’intérêt des patientes, lorsque les données sur lesquelles on se base pour établir des recommandations sont limitées, il existe un risque de se tromper. Il faut alors que la formulation de recommandations ne soit pas une fin en soi, mais une étape dans un processus qui les voit se construire progressivement et évoluer, parfois même rebrousser chemin.
25Juridiquement, le dépistage prénatal n’est explicitement organisé en France que pour la trisomie 21. Ce choix du législateur s’est basé en particulier sur la fréquence de cette anomalie, qui constitue la première cause de déficience intellectuelle. Pourquoi n’a-t-il pas organisé le dépistage d’autres anomalies chromosomiques communes, telles que les T13 et T18, ou d’autres anomalies sub-chromosomiques qui, prises toutes ensemble, sont plus fréquentes que la trisomie 21 ? La réponse est probablement simple ; elle tient à ce que le seul test qui existait avant le DPNI, à savoir le test des marqueurs sériques, est peu, voire pas performant pour la détection de ces autres anomalies.
- 11 American College of Obstetricians and Gynecologists Screening for Fetal Aneuploidy, ACOG Practice (...)
- 12 http://www.eaclf.org/docs/recommandation-ACLF_DPNI-V2.pdf
26Devant les excellentes performances du DPNI pour la détection des trois trisomies communes et face à la gravité clinique associée aux T13 et T18, plus encore que celle de la T21, les recommandations médicales ont quant à elles naturellement ciblé ces trois anomalies. Les premières ont émané de sociétés savantes étrangères (American College of Medical Genetics (Gregg et al., 2013, 2016), American College of Obstetrics and Gynecology11, etc.). En France, elles ont été élaborées plus tard par l’Association des cytogénéticiens de langue française (ACLF)12 et par la Haute Autorité de santé (HAS) (cette dernière ne s’est prononcée que pour la trisomie 21). À l’unanimité, l’intégration du DPNI à la stratégie de dépistage prénatal a été recommandée, avec quelques différences quant aux indications et à l’étendue des anomalies recherchées. Si les grossesses gémellaires ont été initialement exclues par certaines sociétés savantes par manque de données, plusieurs d’entre elles les ont aujourd’hui intégrées. Concernant la place du DPNI dans le schéma de dépistage, les discussions ont pris en considération des aspects médico-économiques car le DPNI a un coût dix fois plus élevé que celui des marqueurs sériques. Cependant, d’un point de vue strictement médical, il y a consensus sur l’intérêt du test en première ligne de dépistage en lieu et place des marqueurs sériques chez toutes les femmes enceintes.
- 13 Parmi les équipes qui ont été pionnières en la matière, mentionnons celle du Pr Joris Vermeesh à (...)
27Avec le développement continu de la technologie, diverses études ont très rapidement montré que le DPNI pouvait détecter d’autres anomalies chromosomiques que les trisomies communes (Lau et al., 2014 ; Li et al., 2016 ; Fiorentino et al., 2017 ; Neofytou et al., 2017 ; Pertile et al., 2017). Pour cela, il suffit de disposer d’une technique de DPNI qui analyse l’ensemble du génome, ou au moins les régions d’intérêt, et d’une analyse statistique adaptée (DPNI dit « whole genome » ou « génome entier »). Deux équipes, en Belgique et aux Pays-Bas, ont contribué à la création d’outils d’analyse adaptés et mené des études de validation dans des cohortes cliniques13. Ce DPNI « génome entier » n’est en réalité qu’un DPNI T21 pouvant détecter d’autres anomalies chromosomiques de grande taille et non l’ensemble des anomalies. Certains industriels proposent des tests ciblant également des anomalies sub-chromosomiques de relativement petite taille (microdélétions/microduplications ; respectivement, perte/gain de matériel génétique), et qui sont associées à des maladies génétiques connues affectant entre autres le développement cognitif (certains syndromes cliniques).
- 14 Il faut savoir que la VPP du DPNI pour la détection de trisomies rares est faible, entre 5 % et 1 (...)
28La réflexion autour de cette thématique emprunte différents chemins de raisonnement car les problématiques ne sont pas les mêmes entre la détection de trisomies autosomiques rares (trisomies d’autres chromosomes que les chromosomes 13, 18 et 21, exceptés les chromosomes sexuels) et la détection d’anomalies sub-chromosomiques. Concernant les trisomies rares, l’enjeu principal est de savoir quand une trisomie placentaire peut aussi affecter le fœtus et entraîner un phénotype clinique assez sévère sur le plan développemental (malformation[s], déficit cognitif). Or ces trisomies sont pour la majorité d’entre elles confinées au placenta et, pour certains chromosomes, elles ne sont même quasi jamais retrouvées chez le fœtus dans les grossesses viables, alors qu’elles peuvent être très fréquemment retrouvées dans le placenta (c’est le cas par exemple de la trisomie 7). Dans d’autres situations, en particulier celle de la trisomie 16, même lorsqu’elle est confinée au placenta, elle est associée à un risque plus élevé de complications obstétricales (Sparks, Thao and Norton, 2017 ; Grau Madsen et al., 2018). Le rendu de cette anomalie si elle est détectée au DPNI pourrait alors permettre d’instaurer une meilleure surveillance maternelle en préventif. Il faut donc éviter ici un double écueil qui consisterait d’une part à inquiéter les patientes à outrance, d’autre part à réaliser des prélèvements invasifs inutilement. Ainsi, pour établir les recommandations relatives la détection de ces trisomies rares par DPNI, l’ACLF a évalué la balance bénéfice/risque pour chaque chromosome, et ce sur la base de données de la littérature portant à la fois sur l’incidence de la trisomie en prénatal (DPNI et biopsie de trophoblaste), sur le taux de faux positifs liés au DPNI (risque d’augmentation significative de gestes invasifs inutiles) et sur la gravité clinique associée à l’anomalie (pour le fœtus et/ou l’enfant à naître et/ou la mère). C’est ainsi que l’ACLF a pu établir une liste de trisomies qu’il est recommandé de « rendre au prescripteur » et une autre dont le « rendu » n’est à l’inverse pas jugé souhaitable14.
29Dans tous les cas, lorsqu’est détectée au cours d’un DPNI l’une de ces anomalies chromosomiques autres que les trisomies communes, elle doit être discutée avec le prescripteur et au sein du centre pluridisciplinaire de diagnostic prénatal de rattachement. Chaque cas est en effet particulier et doit être confronté au dossier de la patiente, à l’imagerie fœtale, au contexte familial, etc. Pour une même donnée scientifique et médicale, la lecture peut différer, les avis peuvent diverger, le seuil d’acceptation du risque peut varier en fonction des personnes, de leur culture, de leurs expériences personnelles, de la réaction à l’angoisse générée.
30Le test DPNI est l’un des tests génétiques qui a été le plus rapidement intégré dans le système de soins ; sa mise à la nomenclature des actes médicaux pour une prise en charge par l’Assurance maladie a été effective moins de deux ans après le rapport de la HAS. Force est de constater que la pression de la communauté médicale nationale et internationale, des patientes, des médias et des industriels a été forte. Il faut donc anticiper les nouvelles questions à venir pour cadrer l’utilisation ou non du test dans ces situations avant qu’elles ne s’imposent. À court ou à moyen terme, trois sujets seront potentiellement matières à discussion : (i) la recherche d’anomalies chromosomiques déséquilibrées chez le fœtus lorsque l’un des parents est porteur d’un remaniement chromosomique équilibré, (ii) la détection de certaines microdélétions fréquentes chez le fœtus, et (iii) la suspicion d’anomalies chromosomiques d’origine tumorale chez la mère.
31Dans la très grande majorité des cas, un parent portant un remaniement chromosomique équilibré ne présente pas un phénotype clinique particulier, à l’exception, dans certains cas, de troubles de la reproduction ou de fausses couches à répétition. En revanche, en cas de grossesse avec les gamètes de ce parent, un risque existe que ce remaniement chromosomique se transmette de façon déséquilibrée à l’enfant, ce qui soit empêcherait le développement embryonnaire ou fœtal, soit provoquerait des malformations et/ou une dysmorphie faciale souvent associée à un déficit cognitif.
32Beaucoup de couples dans ces situations ont eu des difficultés à concevoir et, lorsqu’il y a enfin une grossesse évolutive, ils sont tiraillés entre la peur que leur fœtus soit atteint d’un remaniement chromosomique déséquilibré et la crainte qu’une fausse couche puisse être induite par le geste invasif nécessaire pour le confirmer ou l’infirmer.
33Le DPNI pourrait donc être bien utile à beaucoup de ces couples. Néanmoins, à ce jour, il n’existe aucune étude ayant évalué ses performances dans cette indication, en raison du faible nombre de cas et de la multitude de situations qui existent (différentes régions chromosomiques, et de tailles variables, peuvent être impliquées). Il y a là nécessité de travailler collectivement pour espérer atteindre des cohortes de taille suffisante pour pouvoir calculer les performances.
34La notion de microdélétion renvoie à la perte d’une petite région chromosomique. Certaines microdélétions sont récurrentes et responsables de syndromes cliniques bien définis, avec un tableau clinique parfois assez sévère pouvant associer des troubles neuro-développementaux (déficience intellectuelle, épilepsie, troubles du comportement), une dysmorphie faciale et des malformations. Certains de ces tableaux cliniques peuvent même être plus sévères que la trisomie 21.
35Dans le cas où ces microdélétions seraient découvertes en situation de diagnostic prénatal, par exemple suite à une anomalie à l’échographie, il n’y aurait pas de débat sur la nécessité ou non d’en informer la mère. Mais l’intérêt d’une telle information lorsque le DPNI met en relief une microdélétion sans qu’il y ait eu un signe d’appel échographique peut être discuté, et ce d’autant que certaines microdélétions peuvent être associées à une expression clinique de sévérité variable d’un individu à l’autre. En outre, on manque encore de données consolidées sur les performances du test pour ces anomalies.
36Dans tous les cas, si des recommandations devaient à l’avenir préconiser de signaler la présence éventuelle de ces anomalies, une sélection drastique devrait à coup sûr s’effectuer pour ne cibler que celles qui sont associées à une atteinte grave du développement fœtal et/ou postnatal. On imagine là encore la difficulté des discussions sur ce point.
37Il y a fort longtemps que l’on sait que l’ADN tumoral peut être retrouvé dans le sang (Chen et al., 1996 ; Nawroz et al., 1996). Puisque le DPNI analyse l’ADN libre circulant dans le sang de la mère, quelle que soit son origine, il n’est pas étonnant qu’il détecte dans cet ADN des cas de tumeur chez la femme enceinte, y compris en « pré-symptomatique », c’est-à-dire avant toute déclaration de symptômes chez cette dernière (Amant et al., 2015 ; Bianchi et al., 2015 ; Imbert-Bouteille et al., 2017 ; Dharajiya et al., 2018). La VPP du test, pour ces anomalies, est assez bonne puisqu’elle peut atteindre 60 % (Meij et al., 2019). Les catégories de cancers rapportés sont très variables : cancer de l’ovaire, adénocarcinome colique, lymphome, cancer du sein, etc. Les équipes de Louvain et de Nijmegen rapportent ces résultats aux prescripteurs et donc aux patientes, et ont organisé un réseau de prise en charge. En France, cette question commence tout juste à être débattue à certaines conférences et réunions.
38D’un point de vue médical, devant ces situations on pourrait mener des examens biologiques et radiologiques complémentaires à un examen clinique, à la recherche des tumeurs les plus fréquemment rencontrées dans la population des femmes enceintes. Néanmoins, ces explorations ne peuvent pas être exhaustives. Par ailleurs, la VPP n’étant au mieux que de 60 %, une tumeur ne serait retrouvée que dans environ un cas sur deux ; qu’en serait-il alors des 40 % de patientes qui auraient eu une alerte par le DPNI, mais chez qui la tumeur ne serait pas identifiable ? Faudrait-il prévoir un suivi régulier ? Comment aider ces femmes à gérer ces situations extrêmement anxiogènes ? Si l’on considère que le fait de rendre un tel résultat serait plus préjudiciable que bénéfique à la patiente, se pose alors la question du droit de savoir de la patiente. Si, à l’inverse, on s’oriente vers une information de la patiente de la présence de telles anomalies car elles sont actionnables (une prise en charge est possible), alors il faudra veiller à ce que l’information à la consultation de prescription soit la plus claire possible pour un consentement éclairé et pour éviter des incompréhensions au moment du rendu du résultat.
39Sur ces questions, il paraît donc primordial de mener des discussions multi-disciplinaires entre généticiens biologistes et cliniciens, obstétriciens, oncologues, éthiciens, juristes et même représentants des patientes, et élaborer des recommandations et des guides de bonnes pratiques, pour les biologistes et pour les cliniciens, le cas échéant. Enfin, il serait utile de tirer profit de l’expérience des autres pays, en particulier de la Belgique et des Pays-Bas, qui sont confrontés à cette question depuis plusieurs années et qui ont établi des recommandations et des conduites à tenir.
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40Le recours au test DPNI est plus complexe qu’il n’y paraît. Pour éviter tout piège, les prescripteurs du test doivent être bien informés de ses limites, en particulier de celles qui sont liées d’une part, à la technique mise en œuvre et, d’autre part, à l’origine de l’ADNlc. L’essentiel est de comprendre qu’il s’agit d’un test de dépistage, certes, très performant pour les trois trisomies communes, mais pas infaillible. Par conséquent, lorsque le résultat est positif, il doit être confirmé par un test invasif de diagnostic, et, dans le cas où il est négatif, un suivi échographique et obstétrical de la grossesse reste nécessaire. Enfin, même si le but n’est pas d’étendre la liste des pathologies à dépister de manière systématique en prénatal, l’évolution de la technique permet, et permettra toujours plus, la détection d’anomalies autres que les trisomies communes, que ce soit volontairement ou au cours du dépistage de la T21, ce qui pose les questions de la conduite à tenir et de la bonne information de la patiente. Il est nécessaire d’anticiper ces évolutions en menant des réflexions dans des groupes de travail pluridisciplinaires pour répondre, à chaque fois, à la question suivante : quels sont les bénéfices/risques, pour la patiente et sa grossesse, associés au rendu ou non d’une anomalie chromosomique détectable ?