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Recherche de classes empiétantes dans un graphe : application aux réseaux d’interactions entre protéines

Computation of overlapping classes in a graph: application to protein-protein interactions networks
Lucile Denoeud-Belgacem
p. 7-42

Résumés

Cet article présente une méthode de classification empiétante permettant de mettre en évidence des zones denses en arêtes dans un graphe. On cherche plus précisément à extraire du graphe des sous-graphes dont la densité en arêtes soit élevée par rapport à la densité du graphe entier, ces sous-graphes pouvant avoir des sommets en commun. Cette méthode est appliquée à un problème issu de la biologique : l’annotation des protéines. Les graphes considérés traduisent alors des interactions observées entre les protéines. Partant du principe biologique que des protéines impliquées dans une même fonction cellulaire interagissent, les sous-graphes obtenus par l’application de la méthode de classification empiétante aux réseaux d’interactions donnent des indications sur les fonctions des protéines constituant ces sous-graphes, ce qui permet de fournir une aide informatique à la prédiction de fonctions inconnues de certaines protéines. Le caractère empitétant autorisé par la méthode présentée ici permet en particulier de prendre en compte le fait que les protéines peuvent être impliquées chacune dans plusieurs fonctions cellulaires.

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Pour citer cet article

Référence papier

Lucile Denoeud-Belgacem, « Recherche de classes empiétantes dans un graphe : application aux réseaux d’interactions entre protéines »Mathématiques et sciences humaines, 187 | 2009, 7-42.

Référence électronique

Lucile Denoeud-Belgacem, « Recherche de classes empiétantes dans un graphe : application aux réseaux d’interactions entre protéines »Mathématiques et sciences humaines [En ligne], 187 | Automne 2009, mis en ligne le 15 décembre 2009, consulté le 23 juin 2021. URL : http://journals.openedition.org/msh/11106 ; DOI : https://doi.org/10.4000/msh.11106

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Auteur

Lucile Denoeud-Belgacem

Futur master, lucile.belgacem@futurmaster.com

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Droits d’auteur

© École des hautes études en sciences sociales

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