Nous remercions sincèrement toutes les personnes et institutions ayant permis de faire avancer les recherches paléolithiques à Waziers. Nous remercions également le comité éditorial de la revue Quaternaire pour son dévouement et avoir rendu possible la sortie de ce data paper – le premier article de ce type dans la revue Quaternaire à notre connaissance.

1 - Supplément d’information 1 de auguste et al., 2022 et hérisson et al., 2023- inventaire des restes de mésofaune et de macrofaune mis au jour sur le gisement de Waziers le Bas-Terroir lors des fouilles programmées de 2014 & 2015

• Domaine de recherche : préhistoire, géologie du Quaternaire.

• Domaine plus spécifique : paléontologie et archéozoologie.

• Type de données : base de données.

• Moyens d’acquisition des données : détermination spécifique par comparaison squelettique, analyse morphométrique (pied à coulisse numérique), analyse surfacique visuelle.

• Format des données : brut.

• Accès aux données : http://dx.doi.org/​10.34847/​nkl.3bb9u4it

• Articles de recherche liés : Auguste et al., 2022 ; Hérisson et al., 2023.

• Intérêt du jeu de données : le jeu de données reprend ici une détermination spécifique et archéozoologique de l’intégralité des restes fauniques mis au jour sur le gisement de Waziers le Bas-Terroir (2014-2015), ainsi que les observations taphonomiques.

• Description des données : la base de données comprend l’identité archéologique de chaque pièce faunique, la détermination anatomique et spécifique, le descriptif des stigmates taphonomiques.

• Matériels et méthodes : les données ont été acquises par l’examen systématique et exhaustif de tous les éléments fauniques de vertébrés provenant de fouilles 2014 et 2015 du Bas-Terroir à Waziers. Le matériel microfaunique a été exclus car intégré dans un autre article (Lebreton et al., 2023). L’analyse morphologique est décrite dans l’article et est basée sur le principe de l’anatomie comparée pour identifier la nature des éléments ainsi que l’espèce. L’analyse de l’état de surface des os a été réalisée sans élément optique, les stigmates sont décrits selon les protocoles établis.

• Référence à citer : Auguste, Patrick ; Louguet, Sophie ; Sévèque, Noémie (2023) «Supplément d’information 1 de Auguste et al., 2022 et Hérisson et al., 2023. Inventaire des restes de mésofaune et de macrofaune mis au jour sur le gisement de Waziers le Bas-Terroir lors des fouilles programmées de 2014 & 2015» [Dataset] NAKALA. https://doi.org/​10.34847/​nkl.3bb9u4it

2 - Supplément d’information 1 de Bray et al., 2023 - paléoprotéomique appliquée au site de Waziers : spectres de fragmentation des peptides permettant d’identifier le genre des ossements

• Domaine de recherche : chimie.

• Domaine plus spécifique : paléoprotéomique.

• Type de données : set de données.

• Moyens d’acquisition des données : spectres de fragmentation obtenu par spectrométrie de masse nanoHPLC Orbitrap Q-Exactive Plus.

• Format des données : spectres analysés avec le logiciel Mascot.

• Facteurs expérimentaux : digestion eFASP de 5 mg de poudre d’ossement du site de Waziers le Bas-Terroir.

• Caractéristiques expérimentales : analyse nanoLC-MS/MS de 1 µg de peptide issu de la digestion de la poudre d’ossement du site de Waziers le Bas-Terroir. Les données ont été analysées avec le logiciel Mascot.

• Accès aux données : http://dx.doi.org/​10.34847/​nkl.e94a5j7x

• Article de recherche lié : Bray et al., 2023.

• Intérêt du jeu de données : les figures présentées dans ce document correspondent aux spectres de fragmentation des peptides permettant d’identifier le genre des ossements (rang taxonomique). Un tableau des ions identifiés sur le spectre MS/MS a été ajouté ainsi que la représentation graphique de l’erreur de masse en ppm des ions du spectre de masse MS/MS.

• Description des données : figures correspondant aux spectres MS/MS des peptides permettant d’identifier le genre des ossements. Sur le spectre est indiqué les ions fragments détectés et la séquence du peptide. Le tableau reprend les ions identifiés sur le spectre MS/MS. Les masses en rouge correspondent aux ions détectés sur le spectre MS/MS. Pour tous les ions identifiés sur le spectre MS/MS, un graphique de l’erreur de masse en ppm des ions du spectre de masse MS/MS est inclus. Le nom du ou des échantillons est indiqué pour chaque figure.

• Matériels et méthodes : les données protéomiques ont été traitées avec Mascot (version 2.5.1, Matrix Science, Londres, Royaume-Uni) par rapport à la base de données NCBI (NCBIProt_20210815) limitée aux mammifères (12 254 278 séquences) et aux oiseaux 4 179 719 séquences). La deuxième analyse bio-informatique a été réalisée avec PEAKS X (Bioinformatic solution INC., Waterloo, Canada) par rapport à une base de données maison contenant 1 765 séquences de collagène extraites de la base de données NCBi (All_Collagen, téléchargée en décembre 2021) restreinte aux mammifères et oiseaux. Les peptides identifiés sur le collagène I alpha 1 et I alpha 2 ont été alignés sur la séquence protéique non redondante NCBI (toutes les traductions GenBank CDS non redondantes + PDB + SwissProt + PIR + PRF à l’exclusion des échantillons environnementaux des projets WGS contenant 308 570 119 séquences) pour trouver une similitude avec BLASTp (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/​ Blast.cgi?PAGE=Proteins). L’alignement des paramètres de notation a utilisé la matrice BLOSUM62. Les peptides spécifiques ont été validés avec un score de 100 % d’identité et une couverture complète des requêtes. Les spectres de fragmentations pour des peptides spécifiques ont été examinés manuellement pour la qualité.

• Référence à citer : Bray, Fabrice ; Auguste, Patrick ; Fabrizi, Isabelle ; Flament, Stéphanie ; Rolando, Christian (2023) «Supplément d’information 1 de Bray et al., 2023. Paléoprotéomique appliquée au site de Waziers : spectres de fragmentation des peptides permettant d’ifentifier le genre des ossements» [Dataset] NAKALA. https://doi. org/10.34847/nkl.e94a5j7x

3 - Supplément d’information 2 de Bray et al., 2023 - paléoprotéomique appliquée au site de Waziers : spectres de fragmentation des peptides permettant d’identifier les modifications post-traductionnelles

• Domaine de recherche : chimie.

• Domaine plus spécifique : paléoprotéomique.

• Type de données : set de données.

• Moyens d’acquisition des données : spectres de fragmentation obtenu par spectrométrie de masse nanoHPLC Orbitrap Q-Exactive Plus.

• Format des données : spectres analysés avec les logiciels Mascot et PEAKS X.

• Facteurs expérimentaux : digestion eFASP de 5 mg de poudre d’ossement du site de Waziers le Bas-Terroir.

• Caractéristiques expérimentales : analyse nanoLC-MS/MS de 1 µg de peptide issu de la digestion de la poudre d’ossement du site de Waziers le Bas-Terroir. Les données ont été analysées avec le logiciel Mascot.

• Accès aux données : http://dx.doi.org/​10.34847/​nkl.c59b2vp3

• Article de recherche lié : Bray et al., 2023.

• Intérêt du jeu de données : les figures présentées dans ce document correspondent aux spectres de fragmentation des peptides permettant de localiser et identifier les modifications post-traductionnelles. Un tableau des ions identifiés sur le spectre MS/MS a été ajouté ainsi que la représentation graphique de l’erreur de masse en ppm des ions du spectre de masse MS/MS.

• Description des données : figures correspondant aux spectres MS/MS des peptides permettant de localiser et d’identifier les modifications post-traductionnelles. Sur le spectre est indiqué les ions fragments détectés et la séquence du peptide. Le tableau reprend les ions identifiés sur le spectre MS/MS. Les masses en rouge correspondent aux ions détectés sur le spectre MS/MS. Pour tous les ions identifiés sur le spectre MS/MS, un graphique de l’erreur de masse en ppm des ions du spectre de masse MS/MS est inclus. Le nom du ou des échantillons est indiqué pour chaque figure.

• Matériels et méthodes : les données protéomiques ont été traitées avec Mascot (version 2.5.1, Matrix Science, Londres, Royaume-Uni) par rapport à la base de données NCBI (NCBIProt_20210815) limitée aux mammifères (12 254 278 séquences) et aux oiseaux (4 179 719 séquences). La deuxième analyse bio-informatique a été réalisée avec PEAKS X (Bioinformatic solution INC., Waterloo, Canada) par rapport à une base de données maison contenant 1 765 séquences de collagène extraites de la base de données NCBi (All_Collagen, téléchargée en décembre 2021) restreinte aux mammifères et oiseaux. Les peptides identifiés sur le collagène I alpha 1 et I alpha 2 ont été alignés sur la séquence protéique non redondante NCBI (toutes les traductions GenBank CDS non redondantes + PDB + SwissProt + PIR + PRF à l’exclusion des échantillons environnementaux des projets WGS contenant 308 570 119 séquences) pour trouver une similitude avec BLASTp (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/​ Blast.cgi?PAGE=Proteins). L’alignement des paramètres de notation a utilisé la matrice BLOSUM62. Les peptides spécifiques ont été validés avec un score de 100 % d’identité et une couverture complète des requêtes. Les spectres de fragmentations pour des peptides spécifiques ont été examinés manuellement pour la qualité.

• Référence à citer : Bray, Fabrice ; Auguste, Patrick ; Fabrizi, Isabelle ; Flament, Stéphanie ; Rolando, Christian (2023) «Supplément d’information 2 de Bray et al., 2023. Paléoprotéomique appliquée au site de Waziers : spectres de fragmentation des peptides permettant d’identifier les modifications post traductionnelles» [Dataset] NAKALA. https://doi.org/​10.34847/​nkl.c59b2vp3

4 - Supplément d’information 3 de Bray et al., 2023 - paléoprotéomique appliquée au site de Waziers : tableau contenant la liste des peptides identifiés par LC‑MS/MS permettant une identification de la taxonomie avec le logiciel UNIPEPT

• Domaine de recherche : chimie.

• Domaine plus spécifique : paléoprotéomique.

• Type de données : set de données.

• Moyens d’acquisition des données : spectrométrie de masse nanoHPLC Orbitrap Q-Exactive Plus.

• Format des données : liste des peptides permettant d’identifier la taxonomie des ossements.

• Facteurs expérimentaux : digestion eFASP de 5 mg de poudre d’ossement du site de Waziers le Bas-Terroir.

• Caractéristiques expérimentales : analyse nanoLC-MS/MS de 1 µg de peptide issu de la digestion de la poudre d’ossement du site de Waziers le Bas-Terroir. Les données ont été analysés avec le logiciel Mascot puis Unipept.

• Accès aux données : http://dx.doi.org/​10.34847/​nkl. bcc8o1g8

• Article de recherche lié : Bray et al., 2023.

• Intérêt du jeu de données : liste des peptides identifiés par LC-MS/MS pour les ossements du site de Waziers le Bas-Terroir. Ces peptides permettent d’identifier la taxonomie des ossements.

• Description des données : le 1^er onglet « Identification des taxons» contient un tableau S3.1 indiquant le nombre de peptide identifiés pour chaque échantillon permettant d’identifier la taxonomie. Cette taxonomie obtenue avec le logiciel Unipept correspond au Domaine, Règne, Phylum, Subphylum, Classe, Ordre, Famille. Dans cette onglet un second tableau S3.2 indiquant la taxonomie obtenue avec le logiciel Unipept pour chaque échantillon.

• Le second onglet « Résumé des colonnes » donne la description des colonnes lors des résultats obtenus avec le logiciel Unipept.

• Les onglets Wa 1 jusque Wa 15 correspondent aux résultats du logiciel Unipept pour chaque échantillon de Waziers. Il s’agit de la liste des peptides identifiés par LC-MS/MS pour chaque échantillon et de la taxonomie réalisée avec le logiciel Unipept. Ces résultats permettent d’identifier des peptides spécifiques du Domaine, Règne, Phylum, Subphylum, Classe, Ordre et Famille.

• Matériels et méthodes : Les données protéomiques ont été traitées avec Mascot (version 2.5.1, Matrix Science, Londres, Royaume-Uni) par rapport à la base de données NCBI (NCBIProt_20210815) limitée aux mammifères (12 254 278 séquences) et aux oiseaux (4 179 719 séquences). Les peptides identifiés ont été soumis à Unipept (version 4.0, https://unipept.ugent.be/​) pour une analyse taxonomique. L’appariement peptide- protéine est basé sur les données de la base de données UniProtKB, tandis que les taxons proviennent de la taxonomie NCBI.

• Référence à citer : Bray, Fabrice ; Auguste, Patrick ; Fabrizi, Isabelle ; Flament, Stéphanie ; Rolando, Christian (2023) «Supplément d’information 3 de Bray et al., 2023. Paléprotéomique appliquée au site de Waziers : tableau contenant la liste des petptides identifiés par LC-MS/ MS permettant une identification de la taxonomie avec le logiciel UNIPEPT» [Dataset]  NAKALA. https://doi.org/​10.34847/​nkl.bcc8o1g8

5 - Supplément d’information 4 de Bray et al., 2023 - paléoprotéomique appliquée au site de Waziers : données brute LC-MS/MS des échantillons de Waziers le Bas-Terroir

• Domaine de recherche : chimie.

• Domaine plus spécifique : paléoprotéomique.

• Type de données : tableau Excel.

• Moyens d’acquisition des données : spectrométrie de masse nanoHPLC Orbitrap Q-Exactive Plus.

• Format des données : fichier brut de LC-MS/MS.

• Facteurs expérimentaux : digestion eFASP de 5 mg de poudre d’ossement du site de Waziers le Bas-Terroir.

• Caractéristiques expérimentales : analyse nanoLC-MS/MS de 1 µg de peptide issu de la digestion de la poudre d’ossement du site de Waziers le Bas-Terroir.

• Accès aux données : https://www.ebi.ac.uk/​pride/​ ; numéro d’accession : PXD039657.

• Article de recherche lié : Bray et al., 2023.

• Intérêt du jeu de données : fichiers «*.raw» de l’orbitrap Q-exactive plus permettant d’identifier les peptides, protéines, modifications après interrogation sur des bases de données avec un logiciel comme Proteome Discoverer, Mascot, PEAKS…

• Description des données : fichiers «*.raw» de l’orbitrap Q-exactive plus et fichiers «*.dat» des interrogations avec le logiciel Mascot pour chaque échantillon Wa 1 jusque Wa 15.

• Matériels et méthodes : Les analyses LC-MS/MS ont été effectuées sur un spectromètre de masse Orbitrap Q Exactive plus couplé à un système HPLC microfluidique U3000 RSLC (ThermoFisher Scientific, Waltham, Massachusetts, États-Unis). 1 μl du mélange de peptides à une concentration de 1 µg/µl a été injecté avec le solvant A (5 % acétonitrile et 0,1 % acide formique v/v) pendant 3 min à un débit de 10 μl.min^-1 sur un Acclaim PepMap100 Pré-colonne C18 (5 μm, 300 μm id × 5 mm) de ThermoFisher Scientific. Les peptides ont ensuite été séparés sur une colonne en phase inverse C18 Acclaim PepMap100 C18 (3 μm, 75 mm id × 500 mm), en utilisant un gradient linéaire (5-40 %) de la solution B (75 % acétonitrile et 0,1 % acide formique) à un débit de 250 nl.min^-1 en 160 minutes puis 100 % de solution B en 5 minutes. La colonne a été lavée pendant 5 minutes avec le tampon B puis rééquilibrée avec le tampon A. La colonne et la pré-colonne ont été placées dans une étuve à une température de 45°C. La durée totale de l’analyse était de 180 min. Les analyses LC ont été acquises en mode ions positifs avec des balayages MS de m/z 350 à 1 500 dans l’analyseur de masse Orbitrap à une résolution de 70 000 à m/z 400. Le contrôle automatique du gain a été réglé sur 10⁶. Séquentiellement, des balayages MS/ MS ont été acquis dans la cellule de collision à haute énergie pour les 15 ions les plus intenses détectés dans les spectres MS avec une résolution de 17 500 à m/z 400 et une isolation de 1,6 m/z.

6 - Supplément d’information 2 de Hérisson et al., 2023 - inventaire des restes lithiques des niveaux archéologiques en place mis au jour sur le gisement de Waziers le Bas‑Terroir lors des fouilles programmées de 2014 & 2015, le diagnostic préventif de 2013 et le sondage dit du « Puisard » de la fouille préventive historique de 2013

• Domaine de recherche : préhistoire.

• Domaine plus spécifique : technologie lithique.

• Type de données : set de données.

• Moyens d’acquisition des données : analyse technologique et métrique (pied à coulisse numérique).

• Format des données : brut.

• Accès aux données : http://dx.doi.org/​10.34847/​nkl. b17evb67

• Article de recherche lié : Hérisson et al., 2023.

• Intérêt du jeu de données : le jeu de données reprend ici un descriptif technologique de l’intégralité des pièces lithiques en place mis au jour sur le gisement de Waziers le Bas-Terroir (2013-2015).

• Description des données : La base de données comprend l’origine (géographique, stratigraphique et archéologique) de chaque pièce, sa dénomination technologique, des attributs technologiques, ses dimensions métriques, son appartenance à un remontage et des remarques éventuelles.

• Matériels et méthodes : les données sont issues d’une analyse technologique des restes lithiques provenant des niveaux archéologiques en place récoltés lors des fouilles programmées 2014 et 2015 du gisement de Waziers le Bas-Terroir, du diagnostic préventif de 2013 et du sondage dit du « puisard » de 2013. Seules les pièces issues du tamisage, non encore analysées à ce jour, ne sont pas incluses dans la présente base de données. L’analyse technologique se base sur des méthodes décrites dans l’article lié à ce jeu de données (Hérisson et al., 2023).

• Référence à citer : Hérisson, David (2023) «Supplément d’information 2 de Hérisson et al., 2023. Inventaire des restes lithiques des niveaux archéologiques en place mis au jour sur le gisement de Waziers le Bas-Terroir lors des fouilles programmées de 2014 & 2015, le diagnostic préventif de 2013 et le sondage dit du «puisard» de la fouille préventive historique de 2013» [Dataset] NAKALA. https://doi.org/​10.34847/​ nkl.b17evb67

7 - Supplément d’information 1 de Maréchal et al., 2022 - dents de cheval (EQUUS SP.) analysées en isotopie de l’oxygène pour reconstituer les paléotempératures du gisement de Waziers le Bas‑Terroir.

• Domaine de recherche : chimie, préhistoire.

• Domaine plus spécifique : isotopie de l’oxygène, paléontologie.

• Type de données : image.

• Moyens d’acquisition des données : appareil photographique numérique.

• Format des données : jpeg.

• Accès aux données : http://dx.doi.org/​10.34847/​ nkl.92de6iq5

• Article de recherche lié : Maréchal et al., 2022.

• Intérêt du jeu de données : la figure présente avant prélèvement les restes dentaires de cheval analysés par isotopie de l’oxygène pour reconstituer les paléotempératures du gisement de Waziers le Bas-Terroir. Description des données : dents de cheval (Equus sp.) WBT22.1, WBT22.2, WBT22.3, et WBT22.4 de Waziers le Bas-Terroir analysées en isotopes de l’oxygène. (a) Vue de profil ; (b) face linguale ; (c) racine ; (d) vue de profil ; (e) face labiale ; (f) face occlusale. Barres noires verticales : 1 cm.

• Référence à citer : Maréchal-Chenevier, Chloé ; Sévèque, Noémie (2023) «Supplément d’information 1 de Maréchal et al., 2022. Dents de cheval (Equus sp. ; WBT22.1, WBT22.2, WBT22.3, et WBT22.4) de Waziers le Bas-Terroir analysés en isotopes de l’oxygène.» [Image] NAKALA. https://doi.org/​10.34847/​nkl.92de6iq5

8 - Supplément d’information 2 de Maréchal et al., 2022 - dents de cheval (EQUUS SP.), de mégalocéros (MEGALOCEROS GIGANTEUS) et de chevreuil (CAPREOLUS CAPREOLUS) analysées en isotopie de l’oxygène pour reconstituer les paléotempératures du gisement de Waziers le Bas-Terroir.

• Domaine de recherche : chimie, préhistoire.

• Domaine plus spécifique : isotopie de l’oxygène, Paléontologie.

• Type de données : image.

• Moyens d’acquisition des données : appareil photographique numérique.

• Format des données : jpeg.

• Accès aux données : http://dx.doi.org/​10.34847/​nkl.b0d0s5wc

• Article de recherche lié : Maréchal et al., 2022.

• Intérêt du jeu de données : la figure présente avant prélèvement les restes dentaires analysés par isotopie de l’oxygène pour reconstituer les paléotempératures du gisement de Waziers le Bas-Terroir.

• Description des données : dent de cheval (Equus sp. ; WBT19), dent de mégalocéros (Megaloceros giganteus ; WBT318) et dent de chevreuil (Capreolus capreolus ; WBT147). (a) face linguale ; (b) face labiale ; (c) face occlusale ; (d) racine. Barres noires verticales : 1 cm.

• Référence à citer : Maréchal-Chenevier, Chloé ; Sévèque, Noémie (2023) «Supplément d’information 2 de Maréchal et al., 2022. Dents de cheval (Equus sp. ; WBT19) de Waziers le Bas-Terroir analysés en isotopes de l’oxygène.» NAKALA. https://doi.org/​10.34847/​nkl. b0d0s5wc