Adenis, M.-S. (2021). Petites Vies. Gloire aux microbes. Socialter. https://www.socialter.fr/article/gloires-aux-microbes
Alves Duarte Da Silva, M., French, O., Keck, F. & Skotnes-Brown, J. (2023). Introduction: Disease reservoirs: from colonial medicine to one health. https://research-repository.st-andrews.ac.uk/handle/10023/28070 [Accessed 8th August 2024].
Bapteste, É. (2020). Les microbes sont passés du statut d’ennemi à celui d’allié potentiel et de coarchitectes de notre monde. Pour la Science, Hors Série n°109 : Les vrais pouvoirs des microbiotes sur notre santé.
Barnéoud, L. (2022). Faut-il apprendre à vivre avec les microbes ? Mediapart. https://www.mediapart.fr/journal/france/090822/faut-il-apprendre-vivre-avec-les-microbes [Accessed 26th July 2024].
Benezra, A., DeStefano, J. & Gordon, J.I. (2012). Anthropology of microbes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 109(17), 6378–6381. https://doi.org/10.1073/pnas.1200515109
Berg, G., Rybakova, D., Fischer, D., Cernava, T., Vergès, M.-C.C., Charles, T., Chen, X., Cocolin, L., Eversole, K., Corral, G.H., Kazou, M., Kinkel, L., Lange, L., Lima, N., Loy, A., Macklin, J.A., Maguin, E., Mauchline, T., McClure, R., Mitter, B., Ryan, M., Sarand, I., Smidt, H., Schelkle, B., Roume, H., Kiran, G.S., Selvin, J., de Souza, R.S.C., van Overbeek, L., Singh, B.K., Wagner, M., Walsh, A., Sessitsch, A. & Schloter, M. (2020). Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges. Microbiome, 8(1), 103. https://doi.org/10.1186/s40168-020-00875-0
Blaser, M. (2014). Missing Microbes, how the overuse of antibiotics is fueling our modern plagues. London: Henry Holt & Co.
Brives, C. (2022). Face à l’antibiorésistance. Une écologie politique des microbes. Paris : Amsterdam.
Brives, C. & Zimmer, A. (2021). Écologies et promesses du tournant microbien. Revue d’anthropologie des connaissances, 15(3). https://doi.org/10.4000/rac.24895
Cornu, P., Valceschini, E. & Maeght-Bournay, O. (2018). L’histoire de l’Inra, entre science et politique. Versailles : Quae.
Daston, L. (Ed.) (2000). Biographies of Scientific Objects (1st edition). Chicago: University of Chicago Press.
de Parville, H. (1876). Les micro-organismes nombreux et prolifères. Journal Officiel, 1136.
Delfosse, C. (2007). La France fromagère (1850-1990) (coll. Mondes ruraux contemporains). Paris : Boutique De L’histoire.
Demeulenaere, É. (à paraître). In Search of the Microbial Path to Terroir. A Place-based History of French Cheese Microbiology, 1990s. History and Philosophy of the Life Sciences.
Demeulenaere, É. & Lagrola, M. (2021). Des indicateurs pour accompagner « les éleveurs de microbes ». Une communauté épistémique face au problème des laits « paucimicrobiens » dans la production fromagère au lait cru (1995-2015). Revue d’anthropologie des connaissances, 15(3). https://doi.org/10.4000/rac.24953
Ducluzeau, R., Desbrosses, B. & Poupardin, D. (2004). Robert Ducluzeau : témoignage. In Archorales : les métiers de la recherche, témoignages (vol. 10, pp. 163-196), Éditions INRA. https://hal.inrae.fr/hal-02828504 [Accessed 5th August 2024].
Ducluzeau, R. & Raibaud, P. (1979). Écologie microbienne du tube digestif : ces microbes qui nous protègent (coll. Actualités scientifiques et agronomiques de l’INRA). Paris : Masson. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb34626131c [Accessed 8th August 2024].
Dupré, J. (2012). Processes of Life: Essays in the Philosophy of Biology. Oxford University Press.
Dupré, J. & O’Malley, M.A. (2007). Metagenomics and biological ontology. Studies in history and philosophy of biological and biomedical sciences, 38(4), 834–846. https://doi.org/10.1016/j.shpsc.2007.09.001
Ehrlich, S.D. (2011). MetaHIT: The European Union Project on Metagenomics of the Human Intestinal Tract. In: K.E. Nelson (Ed.). Metagenomics of the Human Body. Springer (pp. 307–316). https://doi.org/10.1007/978-1-4419-7089-3
Ervin, R.F., Trexler, P.C. & Reyniers, J.A. (1943). History of Bacteriology at the University of Notre Dame. Proceedings of the Indiana Academy of Science, 53, 62–65.
Flachs, A. & Orkin, J.D. (2019). Fermentation and the Ethnobiology of Microbial Entanglement. Ethnobiology Letters, 10(1), 35–39. https://doi.org/10.14237/ebl.10.1.2019.1481
Fortané, N. (2021). Antimicrobial resistance: preventive approaches to the rescue? Professional expertise and business model of French “industrial” veterinarians. Review of Agricultural, Food and Environmental Studies, 102(2), 213–238. https://doi.org/10.1007/s41130-019-00098-4
Fortané, N. (2015). La surveillance comme dispositif-frontière. La triple ontologie des bactéries résistantes d’origine animale. Revue d’anthropologie des connaissances, 9(2), 265–290.
Fournier, D. & D’Onofrio, S. (Eds.) (1995). Le ferment divin, Ethnologie de la France. Paris : MSH. https://books.openedition.org/editionsmsh/2389?lang=fr
Granjou, C. & Phillips, C. (2019). Living and labouring soils: Metagenomic ecology and a new agricultural revolution? BioSocieties, 14(3), 393–415. https://doi.org/10.1057/s41292-018-0133-0
Greenhough, B., Read, C.J., Lorimer, J., Lezaun, J., McLeod, C., Benezra, A., Bloomfield, S., Brown, T., Clinch, M., D’Acquisto, F., Dumitriu, A., Evans, J., Fawcett, N., Fortané, N., Hall, L.J., Giraldo Herrera, C.E., Hodgetts, T., Johnson, K.V.-A., Kirchhelle, C., Krzywoszynska, A., Lambert, H., Monaghan, T., Nading, A., Nerlich, B., Singer, A.C., Szymanski, E. & Wills, J. (2020). Setting the agenda for social science research on the human microbiome. Palgrave Communications, 6(1), 1–11. https://doi.org/10.1057/s41599-020-0388-5
Handelsman, J., Rondon, M.R., Brady, S.F., Clardy, J. & Goodman, R.M. (1998). Molecular biological access to the chemistry of unknown soil microbes: a new frontier for natural products. Chemistry & Biology, 5(10), R245–R249. https://doi.org/10.1016/S1074-5521(98)90108-9
Haraoui, L.-P., Rizk, A. & Landecker, H. (2024). States of Resistance: nosocomial and environmental approaches to antimicrobial resistance in Lebanon. History and Philosophy of the Life Sciences, 46(3), 28. https://doi.org/10.1007/s40656-024-00624-8
Haraway, D.J. (2008). When Species Meet. Minneapolis: University of Minnesota Press.
Hawksworth, D.L. & Colwell, R.R. (1992). Microbial Diversity 21: biodiversity amongst microorganisms and its relevance. Biodiversity & Conservation, 1(4), 221–226. https://doi.org/10.1007/BF00693760
Helmreich, S. (2009). Alien Ocean: Anthropological Voyages in Microbial Seas. University of California Press.
Hendy, J., Rest, M., Aldenderfer, M. & Warinner, C. (2021). Cultures of Fermentation: Living with Microbes: An Introduction to Supplement 24. Current Anthropology, 62(S24), S197–S206. https://doi.org/10.1086/715476
Hooper, L.V. & Gordon, J.I. (2001). Commensal host-bacterial relationships in the gut. Science, 292(5519), 1115–1118. https://doi.org/10.1126/science.1058709
INRA (1990). Présentation générale du centre de recherches I.N.R.A de Jouy-en-Josas [document interne].
Irlinger, F., Mariadassou, M., Dugat-Bony, E., Rué, O., Neuvéglise, C., Renault, P., Rifa, E., Theil, S., Loux, V., Cruaud, C., Gavory, F., Barbe, V., Lasbleiz, R., Gaucheron, F., Spelle, C. & Delbès, C. (2024). A comprehensive, large-scale analysis of “terroir” cheese and milk microbiota reveals profiles strongly shaped by both geographical and human factors. ISME Communications, 4(1), ycae095. https://doi.org/10.1093/ismeco/ycae095
Keck, F. (2020). Les sentinelles des pandémies : Chasseurs de virus et observateurs d’oiseaux aux frontières de la Chine. Bruxelles : Zones Sensibles Editions.
Keck, F. (2017). Anthropologie des microbes. L’oubli de l’immunologie et la révolution du microbiome. Techniques & Culture. Revue semestrielle d’anthropologie des techniques, (68), 230–247. https://doi.org/10.4000/tc.8646
Kirchhelle, C. (2023). The Antibiocene – towards an eco-social analysis of humanity’s antimicrobial footprint. Humanities and Social Sciences Communications, 10(1), 1–12. https://doi.org/10.1057/s41599-023-02127-6
Kirchhelle, C. (2020). Pyrrhic Progress: The History of Antibiotics in Anglo-American Food Production, Critical Issues in Health and Medicine. New Brunswick (NJ): Rutgers University Press.
Kirksey, S.E. & Helmreich, S. (2010). The Emergence of Multispecies Ethnography. Cultural Anthropology, 25(4), 545–576. https://doi.org/10.1111/j.1548-1360.2010.01069.x
Lagrola, M. (2024). Faire place nette pour la transformation fromagère. Revue d’anthropologie des connaissances, 18(2). https://doi.org/10.4000/11r9p
Latour, B. (1984). Les microbes : guerre et paix ; suivi de Irréductions. Paris : Métailié.
Latour, B. (1991). Nous n’avons jamais été modernes : essai d’anthropologie symétrique. Paris : La Découverte.
Latour, B. (1996). Do Scientific Objects have a History? Pasteur and Whitehead in a Bath of Lactic Acid. Common Knowledge, 1(5), 76–91.
Latour, B. (1999a). Politiques de la nature. Comment faire entrer les sciences en démocratie. Paris : La Découverte & Syros.
Latour, B. (1999b). The Historicity of Things. Where were microbes before Pasteur made them up? In: Pandora’s Hope. Essays on the Reality of Science Studies (chap. 5, pp. 145-173). Cambridge, Massachusetts: Harvard University Press.
Latour, B. (1999c). From Fabrication to Reality. Pasteur and His Lactic Acid Ferment. In: Pandora’s Hope. Essays on the Reality of Science Studies (chap. 4, pp. 113-144). Cambridge, Massachusetts: Harvard University Press.
Latour, B. (1999d). Pandora’s Hope. Essays on the Reality of Science Studies. Cambridge, Massachusetts: Harvard University Press.
Latour, B. (2000). On the Partial Existence of Existing and Nonexisting Objects. In: L. Daston (Ed.). Biographies of Scientific Objects (pp. 247–269). Chicago: University of Chicago Press.
Latour, B. (2001a). Le ferment lactique et la fabrication de la réalité. Dans : L’Espoir de Pandore. Pour Une Vision Réaliste de l’activité Scientifique (chap. 4, pp. 117-150). Paris : La Découverte.
Latour, B. (2001b). Pasteur et l’historicité des choses. Dans : L’Espoir de Pandore. Pour Une Vision Réaliste de l’activité Scientifique (chap. 5, pp. 151-181). Paris : La Découverte.
Latour, B. (2001c). L’Espoir de Pandore. Pour une vision réaliste de l’activité scientifique. Paris : La Découverte.
Latour, B. (2011). Préface de la nouvelle édition. Dans : Pasteur : guerre et paix des microbes, (coll. Poche / Sciences humaines et sociales, pp. 7–14). Paris : La Découverte.
Latour, B. (2015). Face à Gaïa. Huit conférences sur le nouveau régime climatique. Paris : Empêcheurs de penser rond.
Law, J. & Lien, M.E. (2013). Slippery: Field notes in empirical ontology. Social Studies of Science, 43(3), 363–378. https://doi.org/10.1177/0306312712456947
Lederberg, J. & McCray, A. (2001). ‘Ome Sweet’ Omics. A Genealogical Treasury of Words. The Scientist, 15(7), 8.
Lee, V. (2021). The Arts of the Microbial World: Fermentation Science in Twentieth-Century Japan. Chicago: University of Chicago Press.
Lee, V. (2018). Microbial Transformations: The Japanese Domestication of Penicillin Production, 1946–1951. Historical Studies in the Natural Sciences, 48(4), 441–474. https://doi.org/10.1525/hsns.2018.48.4.441
Lien, M.E. (2015). Becoming Salmon: Aquaculture and the Domestication of a Fish. Oakland. California: University of California Press.
Malterre, C. (2010). Claude Malterre : témoignage. Editions INRA. https://hal.inrae.fr/hal-02817993 [Accessed 5th August 2024].
Meola, M., Rifa, E., Shani, N., Delbès, C., Berthoud, H. & Chassard, C. (2019). DAIRYdb: a manually curated reference database for improved taxonomy annotation of 16S rRNA gene sequences from dairy products. BMC Genomics, 20(1), 560. https://doi.org/10.1186/s12864-019-5914-8
Mol, A. (2002). The Body Multiple: Ontology in Medical Practice. Durham: Duke University Press.
Mol, A. (1998). Ontological Politics. A Word and Some Questions. Sociological Review, 46(S), 74–89. https://doi.org/10.1111/1467-954X.46.s.5
Mullis, K.B., Ferré, F. & Gibbs, R.A. (1994). The Polymerase Chain Reaction. Boston: Springer.
Myles, C.C. (Ed.). (2020). Fermented Landscapes: Lively Processes of Socio-environmental Transformation. University of Nebraska Press. https://doi.org/10.2307/j.ctvwh8f20
Nabhan, G.P. (2010). Ethnobiology for a Diverse World: Microbial Ethnobiology and the Loss of Distinctive Food Cultures. Journal of Ethnobiology, 30(2), 181–183. https://doi.org/10.2993/0278-0771-30.2.181
O’Malley, M.A. (2011). Decentring Humans? Imagining a Microbially Inspired Sociology. Metascience, 20(1), 127–130. https://doi.org/10.1007/s11016-010-9442-z
Pace, N.R. (1997). A Molecular View of Microbial Diversity and the Biosphere. Science, 276(5313), 734–740. https://doi.org/10.1126/science.276.5313.734
Paxson, H. (2012). The Life of Cheese. Crafting Food and Value in America (coll. California Studies in Food and Culture). Berkeley, Calif.: University of California Press.
Paxson, H. (2008). Post-Pasteurian Cultures: The Microbiopolitics of Raw-Milk Cheese in the United States. Cultural Anthropology, 23(1), 15–47.
Paxson, H. & Helmreich, S. (2017). Périls et promesses de l’abondance microbienne. Techniques & Culture, (68), 248–285.
Paxson, H. & Helmreich, S. (2014). The Perils and Promises of Microbial Abundance: Novel Natures and Model Ecosystems, from Artisanal Cheese to Alien Seas. Social Studies of Science, 44(2), 165–193. https://doi.org/10.1177/0306312713505003
Poupardin, D., Desmazeaud, M. & Goacolou, J. (2000). Michel Desmazeaud : témoignage. In Archorales : les métiers de la recherche, témoignages (vol. 4), Éditions INRA. https://hal.inrae.fr/hal-02834792 [Accessed 5th August 2024].
Poupardin, D. & Gouet, P. (2001). Philippe Gouet : témoignage. In Archorales : les métiers de la recherche, témoignages (vol. 5), Éditions INRA. https://hal.inrae.fr/hal-02833836 Accessed 5th August 2024].
Quast, C., Pruesse, E., Yilmaz, P., Gerken, J., Schweer, T., Yarza, P., Peplies, J. & Glöckner, F.O. (2013). The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools. Nucleic Acids Research, 41(D1), D590–D596. https://doi.org/10.1093/nar/gks1219
Raffaetà, R. (2022). Metagenomic Futures: How Microbiome Research Is Reconfiguring Health and What It Means to Be Human. London: Routledge.
Raichvarg, D. (1995). Mots contre Maux. Essai sur la Microbiomanie scientifique et vulgaire. Alliage, (22), 32–38.
Rest, M. (2021). Preserving the Microbial Commons. Current Anthropology, 62(S24). https://doi.org/10.1086/715810
Rey, A. (2011). Dictionnaire historique de la langue française. Paris : Nathan.
Richard, J. & Daufin, G. (1973). Qualité bactériologique du lait cru. Dans : Direction scientifique des Productions Animales (dir.). Recherches en productions animales, Regards sur la France (pp. 165–166). Service de Presse, Edition, Information (SPEI).
Sanger, F., Nicklen, S. & Coulson, A.R. (1977). DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proceedings of the National Academy of Sciences, 74(12), 5463–5467. https://doi.org/10.1073/pnas.74.12.5463
Sangodeyi, F.I. (2014). The Making of Microbial Body, 1900s-2012. Harvard University.
Sariola, S. (2021). Fermentation in Post-Antibiotic Worlds. Current Anthropology, S000–S000. https://doi.org/10.1086/715208
Seguin, E. & Lord, L.-O. (2023). Bruno Latour’s Science Is Politics By Other Means: Between Politics and Ontology. Perspectives on Science, 31(1), 9–39. https://doi.org/10.1162/posc_a_00579
Seksik, P., Rigottier-Gois, L., Gramet, G., Sutren, M., Pochart, P., Marteau, P., Jian, R. & Doré, J. (2003). Alterations of the dominant faecal bacterial groups in patients with Crohn’s disease of the colon. Gut, 52(2), 237–242.
Selosse, M.-A. (2017). Jamais seul. Ces microbes qui construisent les plantes, les animaux et les civilisations. Actes Sud.
Simon, M. (2024). Les microbes sont nos alliés plus que nos ennemis. Usbek & Rica, https://usbeketrica.com/fr/article/les-microbes-sont-nos-allies-plus-que-nos-ennemis [Accessed 26th July 2024].
Simonnet, M., Jacquot, M., Calet, M., François, M., Raibaud, M., Michel, M., Lallouette, M., Zelter, M., Terroine, E., Radisson, M., Février, M., Salmon-Legagneur, M., Pérot, M., Péro, M., Bars, M.L., Ferrando, R. & Joubert (1956). Le rôle des antibiotiques dans la croissance. Annales de la nutrition et de l’alimentation, 10(5/6), 79–150.
Stengers, I. & Latour, B. (2009). Le sphinx de l’œuvre. Dans : E. Souriau Les différents modes d’existence, suivi de Du mode d’existence de l’œuvre à faire (coll. MétaphysiqueS, pp. 1–75). Paris : Presses Universitaires de France. https://doi.org/10.3917/puf.souri.2009.01.0002
Suau, A., Bonnet, R., Sutren, M., Godon, J.-J., Gibson, G.R., Collins, M.D. & Doré, J. (1999). Direct Analysis of Genes Encoding 16S rRNA from Complex Communities Reveals Many Novel Molecular Species within the Human Gut. Applied and Environmental Microbiology, 65(11), 4799–4807. https://doi.org/10.1128/AEM.65.11.4799-4807.1999
Tancoigne, É. (2021). Régimes de sélection microbienne. Le cas du microbe laitier (France, 1970-1999). Revue d’anthropologie des connaissances, 15(3). https://doi.org/10.4000/rac.25075
Terroine, E.-F., Auclair, M., Mocquot, M., Bigorre, M., Bourasse, M., Pillon, M., Sainclivier, M., Tapernoux, M., Broyelle, M., Janowski, M., Jarrousse, M., Giroux, M., Saulnier, M., Chanier, M., Guerault, M., Lejot, M. & Lesne, M. (1956). L’amélioration de la qualité du lait. Annales de la nutrition et de l’alimentation, 10(5/6), 33–77.
The Kilpisjärvi Collective, Atkinson, S., Brives, C., Biederman, S., Cañada, J.A., Chartier, D., Davidson, A.C., Evans, J.D., Fortané, N., Kinnunen, V., Legrand, M., Oinas, E., Rest, M., Sariola, S., Thompson, A. & Will, C. (2021). Introducing With Microbes: From witnessing to withnessing. In: C. Brives, M. Rest & S. Sariola (Eds.), With Microbes (pp. 17–40). Manchester, UK: Mattering Press.
Vuitton, D.-A., Divaret-Chauveau, A., Dalphin, M.-L., Laplante, J.-J., von Mutius, E. & Dalphin, J.-C. (2019). Protection contre l’allergie par l’environnement de la ferme : en 15 ans, qu’avons-nous appris de la cohorte européenne « PASTURE » ? Bulletin de l’Académie Nationale de Médecine, 203(7), 618–630. https://doi.org/10.1016/j.banm.2019.05.020
Whipps, L.W., Lewis, K. & Cooke, R.C. (1988). Mycoparasitism and plant disease control. In: M.N. Burge (Ed.), Fungi in Biological Control Systems (pp. 161–187). Manchester University Press.
Woese, C.R. & Fox, G.E. (1977). Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms. Proceedings of the National Academy of Sciences, 74(11), 5088–5090. https://doi.org/10.1073/pnas.74.11.5088
Zimmer, A. (2019). Collecter, conserver, cultiver des microbiotes intestinaux. Écologie politique, 58(1), 135–150.



