Introduction

1L’écosystème scientifique à l’heure de la participation sur le web s’est modifié entrainant une diversification des pratiques de diffusion des résultats de la recherche (Chartron, Broudoux, 2009) et la mesure de la participation sociale (Broudoux, 2013). L’ouverture de l’environnement scientifique du web communicationnel a aussi autorisé la promotion du genre éditorial du blog qui s’est imposé comme espace de discussion pour des jeunes chercheu.r.se.s en sciences humaines et sociales (Mayeur, 2017). Enfin, la croissance des données interrogeables et l’interopérabilité des références scientifiques modifient les supports de diffusion eux-mêmes qui ne se cantonnent plus à des articles dans des revues, l’article n’étant déjà plus – pour certaines disciplines – qu’un modèle à remplir servant à divulguer des résultats de calculs sur des données dynamiques.

2Dans ce contexte, nous nous intéressons aux espaces informationnels qui organisent l’écriture et la lecture scientifique exigeant une nouvelle littératie informationnelle (Simonnot, 2009), car ceux-ci enchevêtrent différents secteurs d’activité avec des infomédiaires dont il s’agirait d’identifier les stratégies.

3Nous proposons ici d’observer les usages et non usages de l’offre logicielle visant l’écriture, la lecture, la préservation des données, des références, des citations et leur traitement. Nous établissons le lien entre cette panoplie d’outils, services, plateformes, avec les acteurs de la recherche responsables de cette offre : start-ups émanant de projets de recherche, éditeurs et groupes de médias scientifiques. La méthode employée est celle de la recherche des propriétaires et des acquéreurs des services qui permet de mettre en évidence le phénomène de concentration chez les acteurs du marché de la communication scientifique.

4Pour cela, nous nous appuyons sur une récente enquête internationale et multidisciplinaire de grande ampleur étudiant les usages de « 101 innovations » de la communication scientifique (Kramer, Bosman, 2016), et qui concerne l’utilisation d’outils dès la recherche d’informations jusqu’à la diffusion et l’évaluation des résultats. Si les résultats de cette enquête ont été analysés avec des focus différents pour l’espace francophone, avec la médecine (Benoist, 2016) et la recherche agronomique (Aventurier, 2017), les « 101 innovations » méritent d’être ré-étudiées du point de vue des résultats concernant les activités d’écrilecture (Kembellec, Broudoux, 2017). Afin de la compléter, nous proposons une exploration des services et créations logicielles liées au web de données, technologie qui n’apparaissait pas – en tant que telle – dans l’analyse des « 101 innovations » en 2016. En effet, la gestion des données et leur remise à disposition ainsi que l’annotation sémantique des articles représentent des innovations notables où les outils sont encore à l’état de prototypes.

Analyse de l’enquête du point de vue de l’écrilecture

7La première remarque est que les classes créées à partir des premières années de publication ne révèlent pas de fossé générationnel dans l’usage ou la recommandation des outils entre les seniors et juniors de la recherche. L’adoption des innovations n’est donc pas imputable à l’âge. 30 % des répondants ont démarré une activité de publication il y a 30 ou 20 ans et 23 % sont des publiants débutants, 16 % des répondants ne publie pas (ce qui correspond aux rôles de la recherche qui distinguent les enseignants-chercheurs des autres professions qui n’ont pas pour vocation à « publier »).

1.1 Ecriture, lecture et citation

10Pourtant, cette offre logicielle intègre des fonctionnalités qui pourraient devenir indispensables à l’écriture scientifique dans les toutes prochaines années. Alors que Scrivener est un outil d’écriture individuel intégrant de la documentation (images, fichiers pdf, etc.) dans un espace de travail et personnalisable selon le genre éditorial choisi (article, fiction, poésie, essai, etc.), Overleaf et Authorea sont des plateformes totalement dédiées à l’écriture-édition d’articles scientifiques intégrant des fonctionnalités d’administration de documents et de données.

11Overleaf (2015) est un outil de publication et de publication collaboratif en ligne éditant des balises LaTeX avec une vue en texte enrichi qui facilite la compréhension et l’utilisation du langage, avec l’édition de formules, l’ajout de commentaires et le versioning de documents. Mais le véritable intérêt de cette plateforme réside en une pluralité de gabarits et de modèles bibliographiques adaptés à différentes revues. La proposition d’administrer la soumission aux revues dont la plateforme gère les modèles excède les fonctionnalités d’écriture. Elle révèle une stratégie d’acteur se positionnant en intermédiaire entre le rédacteur d’article et l’éditeur de revues scientifiques.

12La plateforme Authorea (2012) offre à l’écriture d’articles scientifiques, des possibilités collaboratives sur les documents, le stockage de jeux de données et la génération de visualisations, ainsi que la gestion des citations automatisées à partir de CrossRef et autres répertoires de métadonnées scientifiques. A cet égard, la capture d’écran des principales fonctionnalités (Fig. 1) révèle une orientation didactique intéressant les doctorants-publiants débutants : indications générales sur l’édition d’articles scientifiques, apprentissage de la citation (« how to properly cite the content »), publication et stockage du preprint de son travail sur un répertoire institutionnel (« how to publish and preprint »). Comme le revendique la plateforme, chaque document est aussi un répertoire Git qui peut héberger des données. Il est ainsi possible d’y ajouter des notebooks Jupyter et iPython, de copier/coller du script dans des fichiers html (comme Plotly, Bokey, Carto) et de les appeler au sein du document pour générer des infographies et des visualisations de données.

13Enfin, à la question « Quels outils/sites utilisez-vous pour gérer vos références ? », les réponses ordonnaient EndNote, Mendeley, Zotero, RefWorks, « autres », Papers, Citavi et RefMe. L’examen du nombre de réponses affectées à chaque logiciel fait apparaitre aujourd’hui un gagnant à 36 % (EndNote), suivis par Mendeley (19 %) et Zotero (14 %). Comme pour les outils de lecture-annotation et écriture, c’est un gagnant logiciel « propriétaire » qui rassemble les usages. Des quatre logiciels de gestion bibliographiques « libres ou gratuits » qu’avaient présentés G. Kembellec et C. Scopsi en 2012, seuls Mendeley Desktop et Zotero apparaissent tirer leur épingle du jeu alors que JabRef et BibDesk ne sont pas mentionnés.

Tendances vers l’open : oui mais pas trop…

14Les questions sur le libre accès (86 % pour, 4 % contre et 10 % ne se déterminent pas) et l’open science - précisée comme « la création ouverte, le partage ouvert et l’évaluation ouverte, lorsque c’est possible » - (81 % pour, 4 % contre et 15 % ne se déterminent pas) révèlent le fort intérêt des répondants pour ces thématiques. Cependant, celui-ci est à pondérer par les pratiques réelles.

17L’examen de cette lettre-manifeste révèle un unique lien hypertexte qui pointe vers l’article « What is open peer review ? A systematic review » (Ross-Hellauer, 2017), revu par les pairs en mode ouvert et révisé par l’auteur. Publié sur la plateforme F1000Research, il sert à démontrer la faisabilité du processus : l’évaluation des réviseurs est réalisée sous forme de commentaires auxquels l’auteur de l’article peut répondre. A ce workflow, il faut remarquer le soin apporté à la possibilité de citer les versions successives de l’article, mais aussi les commentaires de l’article.

18Trois zones sont visibles sur la capture d’écran (voir Fig. 2) du portail de publication F1000Research : les métadonnées identifiant l’article (A), ses statistiques de consultation (B), partage, etc., et le suivi effectué par ses réviseurs (C). À noter que le système incite à la citation en procurant une aide afin de réaliser un processus normalisé (voir Fig. 3).

Analyse des acteurs de l’offre logicielle de la communication scientifique

19Les acteurs majeurs de l’offre logicielle dans la communication scientifique sont :

• Les chercheurs eux-mêmes impliqués dans l’Information scientifique et technique, l’organisation de la recherche et le développement logiciel,

• Les institutions publiques et fondations privées, financeurs de la recherche,

• Les groupes de publication et de médias, les agrégateurs de revues, les bibliothèques numériques,

• Les entreprises au service des éditeurs et des bibliothèques,

• Les nouveaux entrants et entreprises privées extérieures au champ de la publication scientifique.

21Le rachat en 2017 de Bepress par Elsevier après celui de SSRN en 2016 signale l’entrée de l’acteur dans le domaine de l’accès ouvert (Schonfeld, 2017) puisqu’il gagne avec Bepress Digital Commons, un dépôt institutionnel utilisé par plus de 500 lycées, universités, facultés de droit, écoles de médecine, centres de soins de santé, bibliothèques publiques et centres de recherche dont l’objectif était de préserver et valoriser leurs publications et collections.

Tableau 1. Propriétaires et financeurs des services web et plateformes scientifiques avec l’année de rachat de services et entreprises

22Les logiciels de gestion de références bibliographiques transformés progressivement en bibliothèques numériques annotables et partagées entre lecteurs ont été rachetés par les éditeurs. Le cas typique est celui de Mendeley fondé en 2008 et racheté par Elsevier en 2013 qui dispose ainsi d’un dispositif d’observation du lectorat par discipline scientifique. Ce tableau relativise l’indépendance de services qui ayant démontré leur utilité sont voués à être rachetés par les acteurs dominants qui concentrent les savoir-faire. Bien qu’incomplet car il ne couvre pas tous les acteurs, il indique que les infrastructures de gestion de la recherche sont aussi sous contrôle des groupes de médias scientifiques tout comme les recherches innovantes impliquant la gestion des projets de recherche, les identifiants de chercheurs, la technologie blockchain pour le peer-reviewing, etc.

Deux secteurs d’innovation liés au web de données

La gestion et la mise à disposition des données

23En France, des démarches en faveur de la gestion et du partage des données de la recherche ont été lancées dès le début des années 2010 ; des enquêtes sur les attentes des chercheurs en matière de données de la recherche à l’Université de Lille 3 (Prost, Schöpfel, 2015) et à l’Université de Rennes 2 (Serres et al., 2017) ont montré leur intérêt mais aussi la nécessité de la formation des doctorants et des chercheur.se.s confirmé.e.s.

24La gestion des données est sans doute le secteur le plus prometteur dans la découvrabilité scientifique. La vision de Jim Gray (2007) est souvent invoquée par ceux qui pensent que les données massives représentent une révolution dans la façon dont les recherches sont conduites et affectent les manières de penser. Elle repose sur l’idée que nous serions entrés dans l’ère du 4^e paradigme de la découverte scientifique, avec la transformation des méthodes scientifiques due à l’exploitation intensive des données. Le premier paradigme serait constitué par la recherche empirique, le deuxième par la théorisation, le troisième serait celui de la simulation de phénomènes complexes autorisée par l’informatisation, le quatrième étage étant constitué par les données massives produites et générées par les simulateurs, capteurs et autres instruments. Seule une petite partie de ces données étant utilisée, le reste n’étant pas pertinent pour la recherche initialement conduite reste à explorer pour d’autres objectifs. C’est l’ouverture de la découvrabilité qui caractériserait l’eScience, car ce type de données produites de manière automatisée représente de la donnée brute exploitable. Dans cette optique, le big data et le web de données apportent des opportunités de mise à jour de liaisons inédites.

25Zenodo (2013) est une archive ouverte de données de recherche pour la préservation et la mise à disposition de contenus de recherche, éducatifs et informatifs, issu d’un projet Cern/OpenAIRE. Ouverte aux SHS, elle fonctionne par communauté de recherche. L’accès au contenu de Zenodo est cependant ouvert à tous, « à des fins non militaires uniquement ». Un récent plantage de la base de données indique que la sollicitation intense de ce genre de services exige un dimensionnement qui s’adapte aux usages.

27La plateforme se compose actuellement :

28– d’un espace de recherche et téléchargement de corpus,

29– de fonctionnalités de gestion de recherche bibliographique : intégration d’Istex à Google Scholar et Zotero et sous forme d’extension pour les navigateurs, un bouton d’accès aux plein textes s’affiche lorsqu’ils sont disponibles, à partir des identifiants documentaires,

30– de l’ouverture au requêtage par une API qui permet d’attaquer directement les données :

• un module d’apprentissage,

• un espace des données ISTEX interrogeable en sparql,

• la liste des jeux de données interreogeables.

31Les services intéressant notre article sont un moteur de recherche aux fonctionnalités pointues de requêtes et l’accès systématique au texte intégral des documents ainsi qu’aux services de traitement des données : fouille de textes, extraction de données, production de synthèses documentaires et de corpus terminologiques.

Les services reposant sur l’annotation

32L’annotation qui est le processus qui consiste à associer à un document des informations complémentaires comme des remarques (explication, commentaire critique, etc.) ou des notes (référence bibliographique, url, etc.) qui peuvent être de différente nature (textuelle, imagière, documentaire) a été progressivement incluse dans les outils d’écrilecture et de publication. Les différents scénarios d’utilisation de l’annotation, éventuellement combinables, vont d’une utilisation individuelle et collaborative à une déclinaison manuelle et automatisée.

33Si l’annotation individuelle consiste souvent à poser des commentaires à la fin d’un billet de blog, l’annotation collective se manifeste par la possibilité de commenter à plusieurs des portions de textes et à s’entre-commenter. On peut parler d’annotation collaborative lorsqu’un projet d’annotation est lancé visant un objectif partagé explicitement de manière collective par plusieurs participants (Merzeau, 2012). Alors que l’annotation manuelle est posée par un acteur-auteur ou éditeur, l’annotation automatisée est générée par un programme suivant un certain nombre de critères. Par exemple, les liens hypertextes extradocumentaires qui pointent vers des ressources externes sont interopérables. Dans la communication scientifique, l’annotation automatisée peut être « sémantisée » selon la définition donnée par les acteurs informaticiens du web sémantique : « l’accrochage d’un élément de l’ontologie à un fragment de document, qui implique de reconnaître (ou de déduire) la présence de l’élément ontologique dans la forme de surface du document » (Prié, Garlatti, 2004). Dans cette optique, l’annotation fait partie de l’éditorialisation sémantique des publications scientifiques (Verlaet, Dillaerts, 2016).

34Remarq est un exemple de nouveau service éditorial (lancé au printemps 2017) – à visée annotative manuelle - conçu pour l’enseignement et la recherche et qui offre des fonctionnalités de recommandation, de collaboration, de commentaire, de partage d’article, le tout sur le site de l’éditeur et en utilisant la version enregistrée de l’article scientifique. Par exemple, un éditeur qui inclurait l’outil dans son offre miserait sur la création d’un réseau social doté de fonctionnalités de partage et d’annotation d’articles. Les remarques sur les sites d’éditeurs peuvent être lues par n’importe qui, mais les annotateurs sont validés par le personnel de Remarq avant que leurs annotations publiques puissent apparaître (Staines, Martone, 2018). En adoptant ce service pour six de ses revues, l’American Mathematical Society (AMS) expérimente un système destiné à impliquer son lectorat. RedLink qui offre ce service est représentatif des nouveaux acteurs faisant le lien entre bibliothèques, éditeurs et utilisateurs (rédacteurs, auteurs, lecteurs). La conception de ce service transversal s’appuie sur le lieu d’études (l’école, la bibliothèque), l’article consulté (la revue, l’éditeur), et les ajouts, partages et apports réalisés par des lecteurs, organisés en groupes de travail. L’offre professionnelle consiste en la tenue de tableaux de bord spécifiques aux bibliothèques et éditeurs, des moteurs de prospection de ventes pour les éditeurs aux outils éditoriaux. RedLink propose aussi RedLink Network, un service gratuit de synchronisation des informations d’identification et des besoins de service entre bibliothèques et éditeurs. Ces services misent sur la transversalité permise par l’interopérabilité entre acteurs et plateformes.

36L’exemple de Dokie.li prouve que cet ensemble de possibilités est exploitable dans le cadre de la communication scientifique. Il s’agit d’un éditeur client pour l’écriture d’articles scientifiques, avec des vues générables du document (html, pdf), les annotations et les interactions sociales étant gérées directement depuis l’outil d’écriture. Dokie.li implémente les spécifications W3C d’annotation sémantique décrites plus haut à des fins de peer-reviewing. Quel que soit le lieu de publication de l’article, les lecteurs peuvent laisser des annotations et des réponses s’ils possèdent leur propre espace d’enregistrement. Si l’article est publié sur un espace de stockage personnel, il est possible de proposer de stocker les annotations et les réponses en leur nom et activer également les réponses anonymes. Toutes les annotations et les réponses peuvent être enregistrées avec une licence Creative Commons.

37Des identifiants uniques (URI) sont générés automatiquement pour chaque section de l’article afin de faciliter la liaison entre utilisateurs et s’y référer. Il est possible d’ajouter des identifiants à tous les concepts jugés importants à tous les niveaux de granularité. Il est aussi possible d’ajouter un balisage descriptif à tout concept ou extrait de prose qui a un identifiant. Dokie.li génère un balisage RDFa afin que les idées soient exposées en tant que données liées pour que d’autres puissent les interroger, les réutiliser et les visualiser. L’exemple de la figure 4 illustre un processus de liaison pour spécifier une référence.

Conclusion

38D’une part, il s’agissait ici d’effectuer un bilan de l’offre logicielle visant l’écriture, la lecture, la préservation des données, des références, des citations et leur traitement. Si l’aide logicielle à l’édition de textes s’est diversifiée, en termes d’usages, les outils traditionnels sont loin de céder leur place à des services innovants et n’apparaissent pas vouloir les intégrer. La composition générale de cette offre logicielle révèle pourtant son attraction pour les groupes de publications en place mais aussi pour de nouveaux entrants qui pratiquent des stratégies d’agrégation de services afin de capturer du lectorat.

39Le travail sur les données, leur gestion, leur liaison apporte un certain nombre de promesses. Mais l’accessibilité à l’information qui passe par la médiation des données suppose aujourd’hui des capacités élargies pour les chercheurs en matière de communication scientifique. En particulier, l’aptitude à (ré)utiliser les données apparaît un enjeu incontournable pour les sciences humaines et sociales sommées d’acquérir de nouvelles compétences informationnelles (Serres, 2012).

40Alors que le travail collaboratif – consistant à partager en ligne des tâches et des documents – est devenu la norme pour certaines professions (ex : les ingénieurs), il apparait que dans l’autorialité scientifique, ce travail collaboratif peine à être reconnu. On peut imaginer qu’un travail sur les liaisons sémantiques impliquerait d’abord de reconnaitre la nature collaborative de la recherche scientifique. Par exemple, ici, le peer-reviewing qui représente la trace des choix qualitatifs des communautés scientifiques, est soutenu par un workflow logiciel en tant qu’activité autonome… et les usages ne sont pas au rendez-vous. En parallèle, on constate que différents essais d’open peer-reviewing sont périodiquement lancés impliquant des revues, des éditeurs et des auteurs – réviseurs et commentateurs en nombre limité et sur une courte période, mais ces projets « ne font pas école » et ne sont pas généralisables. Le fait que ces essais aient été peu couronnés de succès indique les communautés scientifiques ne sont pas prêtes à l’adopter. Il faudrait donc s’interroger plus avant sur leurs motivations.